Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
VPS39Q96JC1 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms