Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SF3A1Q15459 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
SF3A1Q15459 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
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