Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 FBXO44-201ENST00000251546 1896 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CLN3Q13286 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
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