Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms