Protein–RNA interactions for Protein: P53609

PGGT1B, Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PGGT1BP53609 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
PGGT1BP53609 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms