Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms