Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

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Length 1,077 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP28Q96RU2 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP28Q96RU2 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
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