Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms