Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMCH1Q9UPQ0 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms