Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
VPS4AQ9UN37 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS4AQ9UN37 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75 ms