Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
TCOF1Q13428 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
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