Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
CLN3Q13286 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CLN3Q13286 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
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