Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
COL4A3Q01955 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
COL4A3Q01955 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms