Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
BRCA1P38398 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
BRCA1P38398 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms