Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS41P49754 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS41P49754 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS41P49754 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS41P49754 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS41P49754 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS41P49754 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS41P49754 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS41P49754 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
VPS41P49754 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS41P49754 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS41P49754 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS41P49754 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
VPS41P49754 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS41P49754 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS41P49754 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS41P49754 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS41P49754 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS41P49754 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS41P49754 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS41P49754 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS41P49754 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS41P49754 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS41P49754 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS41P49754 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS41P49754 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS41P49754 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS41P49754 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS41P49754 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS41P49754 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.83■■□□□ 1.72
VPS41P49754 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS41P49754 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS41P49754 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS41P49754 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS41P49754 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS41P49754 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS41P49754 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS41P49754 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS41P49754 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS41P49754 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
VPS41P49754 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
VPS41P49754 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS41P49754 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
VPS41P49754 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.72
VPS41P49754 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS41P49754 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS41P49754 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS41P49754 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS41P49754 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS41P49754 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS41P49754 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS41P49754 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS41P49754 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS41P49754 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS41P49754 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS41P49754 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS41P49754 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS41P49754 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS41P49754 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS41P49754 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS41P49754 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS41P49754 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS41P49754 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS41P49754 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS41P49754 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS41P49754 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS41P49754 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS41P49754 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms