RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597259.1

HERC3-212, Transcript of HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 3, humanhuman

TSL 2

Gene HERC3, Length 313 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERC3-212ENST00000597259 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP26.59■■□□□ 1.85
HERC3-212ENST00000597259 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.1■■□□□ 1.61
HERC3-212ENST00000597259 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP22.58■■□□□ 1.21
HERC3-212ENST00000597259 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.17
HERC3-212ENST00000597259 FOXD1Q16676 465 aa21.13■□□□□ 0.97
HERC3-212ENST00000597259 PLPPR3Q6T4P5 718 aa19.99■□□□□ 0.79
HERC3-212ENST00000597259 PPP6R1Q9UPN7 881 aa19.73■□□□□ 0.75
HERC3-212ENST00000597259 MSH5O43196 834 aa19.72■□□□□ 0.75
HERC3-212ENST00000597259 PIAS4Q8N2W9 510 aaPredicted RBP19.71■□□□□ 0.75
HERC3-212ENST00000597259 ADRA2BP18089 450 aa19.66■□□□□ 0.74
HERC3-212ENST00000597259 POTEDQ86YR6 584 aa19.46■□□□□ 0.71
HERC3-212ENST00000597259 MAPK8IP2Q13387 824 aaPredicted RBP18.09■□□□□ 0.49
HERC3-212ENST00000597259 DMRT2Q9Y5R5 561 aa17.92■□□□□ 0.46
HERC3-212ENST00000597259 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP17.85■□□□□ 0.45
HERC3-212ENST00000597259 PPP4R3CPQ6ZMV5 832 aa17.55■□□□□ 0.4
HERC3-212ENST00000597259 DCAF8L1A6NGE4 600 aa17.23■□□□□ 0.35
HERC3-212ENST00000597259 HOXD11P31277 338 aaPredicted RBP17.22■□□□□ 0.35
HERC3-212ENST00000597259 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa17.2■□□□□ 0.34
HERC3-212ENST00000597259 RNF216Q9NWF9 866 aaPredicted RBP17.06■□□□□ 0.32
HERC3-212ENST00000597259 CACNB1Q02641 598 aaPredicted RBP17.01■□□□□ 0.31
HERC3-212ENST00000597259 RNF39Q9H2S5 420 aa16.86■□□□□ 0.29
HERC3-212ENST00000597259 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP16.78■□□□□ 0.28
HERC3-212ENST00000597259 NPM3O75607 178 aaKnown RBP16.62■□□□□ 0.25
HERC3-212ENST00000597259 C1QBPQ07021 282 aaKnown RBP16.56■□□□□ 0.24
HERC3-212ENST00000597259 DNAJC5BQ9UF47 199 aa16.56■□□□□ 0.24
HERC3-212ENST00000597259 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP16.41■□□□□ 0.22
HERC3-212ENST00000597259 KCNA4P22459 653 aa16.27■□□□□ 0.2
HERC3-212ENST00000597259 U3KPZ7 1027 aaPredicted RBP16.1■□□□□ 0.17
HERC3-212ENST00000597259 SLC4A2P04920 1241 aa15.92■□□□□ 0.14
HERC3-212ENST00000597259 SPINK5Q9NQ38 1064 aaPredicted RBP15.92■□□□□ 0.14
HERC3-212ENST00000597259 CAPN15O75808 1086 aa15.85■□□□□ 0.13
HERC3-212ENST00000597259 DSG3P32926 999 aa15.78■□□□□ 0.12
HERC3-212ENST00000597259 TRHP20396 242 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
HERC3-212ENST00000597259 ABCB7O75027 752 aa15.53■□□□□ 0.08
HERC3-212ENST00000597259 APLP2Q06481 763 aa15.51■□□□□ 0.07
HERC3-212ENST00000597259 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
HERC3-212ENST00000597259 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP15.5■□□□□ 0.07
HERC3-212ENST00000597259 ZNF219Q9P2Y4 722 aaPredicted RBP15.5■□□□□ 0.07
HERC3-212ENST00000597259 SAMD1Q6SPF0 538 aaPredicted RBP15.44■□□□□ 0.06
HERC3-212ENST00000597259 MYCNP04198 464 aaPredicted RBP15.33■□□□□ 0.04
HERC3-212ENST00000597259 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP15.3■□□□□ 0.04
HERC3-212ENST00000597259 POTEHQ6S545 545 aa15.22■□□□□ 0.03
HERC3-212ENST00000597259 FOXD4L1Q9NU39 408 aa15.15■□□□□ 0.02
HERC3-212ENST00000597259 POLA2Q14181 598 aa15.14■□□□□ 0.01
HERC3-212ENST00000597259 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP15.08■□□□□ 0
HERC3-212ENST00000597259 ZBTB22O15209 634 aa14.99□□□□□ -0.01
HERC3-212ENST00000597259 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
HERC3-212ENST00000597259 CHRDL2Q6WN34 429 aa14.75□□□□□ -0.05
HERC3-212ENST00000597259 ZBTB12Q9Y330 459 aaPredicted RBP14.74□□□□□ -0.05
HERC3-212ENST00000597259 OSCARQ8IYS5 282 aa14.7□□□□□ -0.06
HERC3-212ENST00000597259 AKT1S1Q96B36 256 aa14.65□□□□□ -0.06
HERC3-212ENST00000597259 ATXN8OSP0DMR3 200 aa14.63□□□□□ -0.07
HERC3-212ENST00000597259 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
HERC3-212ENST00000597259 PITPNM1O00562 1244 aa14.43□□□□□ -0.1
HERC3-212ENST00000597259 PIP4P2Q8N4L2 257 aa14.4□□□□□ -0.1
HERC3-212ENST00000597259 FBLN2P98095 1184 aa14.38□□□□□ -0.11
HERC3-212ENST00000597259 MKRN4PQ13434 485 aaPredicted RBP14.37□□□□□ -0.11
HERC3-212ENST00000597259 SPDYE2BA6NHP3 402 aa14.32□□□□□ -0.12
HERC3-212ENST00000597259 SPDYE6P0CI01 402 aa14.32□□□□□ -0.12
HERC3-212ENST00000597259 SPDYE2Q495Y8 402 aa14.32□□□□□ -0.12
HERC3-212ENST00000597259 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP14.28□□□□□ -0.12
HERC3-212ENST00000597259 SP7Q8TDD2 431 aaPredicted RBP14.22□□□□□ -0.13
HERC3-212ENST00000597259 CSRNP3Q8WYN3 585 aa14.18□□□□□ -0.14
HERC3-212ENST00000597259 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP14.16□□□□□ -0.14
HERC3-212ENST00000597259 SSUH2Q9Y2M2 353 aa14.15□□□□□ -0.14
HERC3-212ENST00000597259 HAX1O00165 279 aa14.14□□□□□ -0.15
HERC3-212ENST00000597259 CLEC11AQ9Y240 323 aa14.12□□□□□ -0.15
HERC3-212ENST00000597259 SPDYE1Q8NFV5 336 aaPredicted RBP14.09□□□□□ -0.15
HERC3-212ENST00000597259 PRKAR2AP13861 404 aaKnown RBP14.03□□□□□ -0.16
HERC3-212ENST00000597259 EVX2Q03828 476 aa14.03□□□□□ -0.16
HERC3-212ENST00000597259 EHMT2Q96KQ7 1210 aa14□□□□□ -0.17
HERC3-212ENST00000597259 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP13.97□□□□□ -0.17
HERC3-212ENST00000597259 CHADLQ6NUI6 762 aa13.9□□□□□ -0.18
HERC3-212ENST00000597259 PRR29P0C7W0 189 aa13.84□□□□□ -0.19
HERC3-212ENST00000597259 C19orf67A6NJJ6 358 aa13.83□□□□□ -0.2
HERC3-212ENST00000597259 GABBR2O75899 941 aa13.65□□□□□ -0.22
HERC3-212ENST00000597259 FARP1Q9Y4F1 1045 aaPredicted RBP13.63□□□□□ -0.23
HERC3-212ENST00000597259 SPDYE4A6NLX3 237 aa13.6□□□□□ -0.23
HERC3-212ENST00000597259 CD44P16070 742 aaKnown RBP13.58□□□□□ -0.24
HERC3-212ENST00000597259 CREBZFQ9NS37 354 aa13.53□□□□□ -0.24
HERC3-212ENST00000597259 NISCHQ9Y2I1 1504 aa13.5□□□□□ -0.25
HERC3-212ENST00000597259 STAG3Q9UJ98 1225 aa13.49□□□□□ -0.25
HERC3-212ENST00000597259 POTEIP0CG38 1075 aa13.41□□□□□ -0.26
HERC3-212ENST00000597259 ZRANB1Q9UGI0 708 aa13.38□□□□□ -0.27
HERC3-212ENST00000597259 ZNF579Q8NAF0 562 aaKnown RBP13.35□□□□□ -0.27
HERC3-212ENST00000597259 LHX8Q68G74 356 aa13.34□□□□□ -0.27
HERC3-212ENST00000597259 MNX1P50219 401 aaPredicted RBP13.29□□□□□ -0.28
HERC3-212ENST00000597259 CLCN6P51797 869 aa13.27□□□□□ -0.29
HERC3-212ENST00000597259 PROM2Q8N271 834 aa13.26□□□□□ -0.29
HERC3-212ENST00000597259 GALR2O43603 387 aaPredicted RBP13.24□□□□□ -0.29
HERC3-212ENST00000597259 DCBLD2Q96PD2 775 aa13.24□□□□□ -0.29
HERC3-212ENST00000597259 PHF12Q96QT6 1004 aa13.23□□□□□ -0.29
HERC3-212ENST00000597259 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP13.19□□□□□ -0.3
HERC3-212ENST00000597259 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP13.18□□□□□ -0.3
HERC3-212ENST00000597259 TSPYL2Q9H2G4 693 aaPredicted RBP13.04□□□□□ -0.32
HERC3-212ENST00000597259 MS4A3Q96HJ5 214 aa13.03□□□□□ -0.32
HERC3-212ENST00000597259 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP13.01□□□□□ -0.33
HERC3-212ENST00000597259 POTEB2H3BUK9 544 aa12.98□□□□□ -0.33
HERC3-212ENST00000597259 MIER1Q8N108 512 aa12.97□□□□□ -0.33
HERC3-212ENST00000597259 CCDC61Q9Y6R9 512 aa12.97□□□□□ -0.33
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.9 ms