RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000299633.6

HDGFL3-201, Transcript of HDGF like 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HDGFL3, Length 12,733 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDGFL3-201ENST00000299633 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP18.82■□□□□ 0.6
HDGFL3-201ENST00000299633 MYT1Q01538 1121 aa18.29■□□□□ 0.52
HDGFL3-201ENST00000299633 ERICH6Q7L0X2 663 aa18.06■□□□□ 0.48
HDGFL3-201ENST00000299633 DCAF8L2P0C7V8 631 aa18.05■□□□□ 0.48
HDGFL3-201ENST00000299633 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP17.84■□□□□ 0.45
HDGFL3-201ENST00000299633 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP17.49■□□□□ 0.39
HDGFL3-201ENST00000299633 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP17.48■□□□□ 0.39
HDGFL3-201ENST00000299633 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP17.45■□□□□ 0.38
HDGFL3-201ENST00000299633 NISCHQ9Y2I1 1504 aa17.38■□□□□ 0.37
HDGFL3-201ENST00000299633 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP17.34■□□□□ 0.37
HDGFL3-201ENST00000299633 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa17.27■□□□□ 0.35
HDGFL3-201ENST00000299633 EHMT2Q96KQ7 1210 aa17.12■□□□□ 0.33
HDGFL3-201ENST00000299633 PCGF6Q9BYE7 350 aa17.08■□□□□ 0.32
HDGFL3-201ENST00000299633 NEFLP07196 543 aa17.06■□□□□ 0.32
HDGFL3-201ENST00000299633 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP16.99■□□□□ 0.31
HDGFL3-201ENST00000299633 APLP2Q06481 763 aa16.77■□□□□ 0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP16.71■□□□□ 0.27
HDGFL3-201ENST00000299633 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP16.69■□□□□ 0.26
HDGFL3-201ENST00000299633 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP16.56■□□□□ 0.24
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP16.49■□□□□ 0.23
HDGFL3-201ENST00000299633 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa16.36■□□□□ 0.21
HDGFL3-201ENST00000299633 HRCP23327 699 aa16.34■□□□□ 0.21
HDGFL3-201ENST00000299633 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP16.3■□□□□ 0.2
HDGFL3-201ENST00000299633 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP16.23■□□□□ 0.19
HDGFL3-201ENST00000299633 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP16.16■□□□□ 0.18
HDGFL3-201ENST00000299633 CLSPNQ9HAW4 1339 aa16.09■□□□□ 0.17
HDGFL3-201ENST00000299633 TRIM41Q8WV44 630 aa16.08■□□□□ 0.16
HDGFL3-201ENST00000299633 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
HDGFL3-201ENST00000299633 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa15.95■□□□□ 0.14
HDGFL3-201ENST00000299633 UBTFP17480 764 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
HDGFL3-201ENST00000299633 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP15.89■□□□□ 0.13
HDGFL3-201ENST00000299633 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP15.89■□□□□ 0.13
HDGFL3-201ENST00000299633 BCANQ96GW7 911 aa15.83■□□□□ 0.12
HDGFL3-201ENST00000299633 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP15.78■□□□□ 0.12
HDGFL3-201ENST00000299633 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP15.77■□□□□ 0.12
HDGFL3-201ENST00000299633 POLR3GLQ9BT43 218 aa15.75■□□□□ 0.11
HDGFL3-201ENST00000299633 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP15.7■□□□□ 0.1
HDGFL3-201ENST00000299633 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP15.68■□□□□ 0.1
HDGFL3-201ENST00000299633 MYT1LQ9UL68 1186 aa15.66■□□□□ 0.1
HDGFL3-201ENST00000299633 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP15.65■□□□□ 0.1
HDGFL3-201ENST00000299633 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
HDGFL3-201ENST00000299633 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
HDGFL3-201ENST00000299633 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP15.58■□□□□ 0.08
HDGFL3-201ENST00000299633 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa15.57■□□□□ 0.08
HDGFL3-201ENST00000299633 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP15.55■□□□□ 0.08
HDGFL3-201ENST00000299633 ITGAEP38570 1179 aa15.54■□□□□ 0.08
HDGFL3-201ENST00000299633 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP15.53■□□□□ 0.08
HDGFL3-201ENST00000299633 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP15.48■□□□□ 0.07
HDGFL3-201ENST00000299633 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP15.47■□□□□ 0.07
HDGFL3-201ENST00000299633 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP15.45■□□□□ 0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 CANXP27824 592 aaKnown RBP15.39■□□□□ 0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 CHIC1Q5VXU3 224 aa15.39■□□□□ 0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 NPM2Q86SE8 214 aaKnown RBP15.39■□□□□ 0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 NBR1Q14596 966 aa15.35■□□□□ 0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 TRIM44Q96DX7 344 aaPredicted RBP15.34■□□□□ 0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 BCL11AQ9H165 835 aa15.31■□□□□ 0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 NCLP19338 710 aaKnown RBP15.27■□□□□ 0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 ARXQ96QS3 562 aa15.26■□□□□ 0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP15.25■□□□□ 0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 NEUROD1Q13562 356 aa15.23■□□□□ 0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 ANP32CO43423 234 aa15.21■□□□□ 0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP15.2■□□□□ 0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP15.17■□□□□ 0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 NEFMP07197 916 aa15.15■□□□□ 0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 SLC24A1O60721 1099 aa15.14■□□□□ 0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP15.13■□□□□ 0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 FKBP8Q14318 412 aa15.11■□□□□ 0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP15.1■□□□□ 0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP15.07■□□□□ 0
HDGFL3-201ENST00000299633 ANP32EQ9BTT0 268 aa15.06■□□□□ 0
HDGFL3-201ENST00000299633 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP15.05■□□□□ 0
HDGFL3-201ENST00000299633 CALRP27797 417 aaKnown RBP15.01□□□□□ -0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 PTMAP06454 111 aaKnown RBP15□□□□□ -0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 ERICH6BQ5W0A0 696 aa14.99□□□□□ -0.01
HDGFL3-201ENST00000299633 TRIM52Q96A61 297 aa14.95□□□□□ -0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 GOLGA6L22H0YM25 854 aa14.91□□□□□ -0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 DDRGK1Q96HY6 314 aa14.9□□□□□ -0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 BECN1Q14457 450 aa14.9□□□□□ -0.02
HDGFL3-201ENST00000299633 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP14.89□□□□□ -0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP14.86□□□□□ -0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP14.85□□□□□ -0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 SCRIBQ14160 1630 aa14.83□□□□□ -0.03
HDGFL3-201ENST00000299633 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP14.83□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa14.82□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 CCDC136Q96JN2 1154 aa14.79□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP14.79□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 ABCC9O60706 1549 aa14.78□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 PTMSP20962 102 aa14.78□□□□□ -0.04
HDGFL3-201ENST00000299633 NRDCO43847 1150 aa14.75□□□□□ -0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 MIER1Q8N108 512 aa14.75□□□□□ -0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa14.73□□□□□ -0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 KAT6BQ8WYB5 2073 aa14.72□□□□□ -0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP14.71□□□□□ -0.05
HDGFL3-201ENST00000299633 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP14.71□□□□□ -0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 MSNP26038 577 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 DEKP35659 375 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 MYH16Q9H6N6 1097 aa14.68□□□□□ -0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP14.67□□□□□ -0.06
HDGFL3-201ENST00000299633 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.6 ms