RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 ZNF514Q96K75 400 aaPredicted RBP7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 APOL2Q9BQE5 337 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 ZBP1Q9H171 429 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 TCF7L2Q9NQB0 619 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 UBP1Q9NZI7 540 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 SIRPGQ9P1W8 387 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 CAMSAP3Q9P1Y5 1249 aaPredicted RBP7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 SLC12A4Q9UP95 1085 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 NEU3Q9UQ49 428 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 ACOT9Q9Y305 439 aa7.59□□□□□ -1.19
USP54-210ENST00000466048 A0A088AWK7 358 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FOXO6A8MYZ6 492 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 KDELR3O43731 214 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NDST3O95803 873 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 C1QAP02745 245 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TPH1P17752 444 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ITGB6P18564 788 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ZNF10P21506 573 aaPredicted RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ADRA1AP35348 466 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CD86P42081 329 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 WASP42768 502 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RXRGP48443 463 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CLCN2P51788 898 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NCF4Q15080 339 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NEPROQ6NW34 567 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FAM124AQ86V42 546 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CNTN4Q8IWV2 1026 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CRIPAKQ8N1N5 446 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CDC26Q8NHZ8 85 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SPPL3Q8TCT6 385 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 BRSK1Q8TDC3 778 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 C17orf80Q9BSJ5 609 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CCSER2Q9H7U1 834 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TAS2R13Q9NYV9 303 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FADS3Q9Y5Q0 445 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TTC3P53804 2025 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ZCWPW2A0A1B0GU75 182 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 HEPACAM2A8MVW5 462 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SIN3BO75182 1162 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ALOX12P18054 663 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SERPINB5P36952 375 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SMAD4Q13485 552 aaKnown RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 GPNMBQ14956 572 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PLCL1Q15111 1095 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TSTD2Q5T7W7 516 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SH2D5Q6ZV89 423 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ZNF683Q8IZ20 524 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NETO2Q8NC67 525 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 MCOLN3Q8TDD5 553 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 WDR41Q9HAD4 459 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CHRAC1Q9NRG0 131 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RAPGEFL1Q9UHV5 662 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SLC27A6Q9Y2P4 619 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TRIM43BA6NCK2 446 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FPGTO14772 594 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PLIN3O60664 434 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SEC24AO95486 1093 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SRPRAP08240 638 aaKnown RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ATF6P18850 670 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FOLH1Q04609 750 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RUNX3Q13761 415 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PHKG1Q16816 387 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 FAM98BQ52LJ0 330 aaKnown RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CARD16Q5EG05 197 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 C6orf10Q5SRN2 563 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RANBP10Q6VN20 620 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RIPOR1Q6ZS17 1223 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RRM2BQ7LG56 351 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TP53INP2Q8IXH6 220 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 GPR22Q99680 433 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 YIPF2Q9BWQ6 316 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SPHK2Q9NRA0 654 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 CROTQ9UKG9 612 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PSMD13Q9UNM6 376 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ZNF217O75362 1048 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RNASEH2AO75792 299 aaKnown RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 VAPBO95292 243 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NEDD8Q15843 81 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TCEAL5Q5H9L2 206 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RAET1GQ6H3X3 334 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 KDELC1Q6UW63 502 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SLC36A4Q6YBV0 504 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ARHGAP36Q6ZRI8 547 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PEX5LQ8IYB4 626 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 C10orf82Q8WW14 230 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TRIM43Q96BQ3 446 aaPredicted RBP7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 GNPTGQ9UJJ9 305 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 COQ6Q9Y2Z9 468 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PDE4DIPQ5VU43 2346 aa7.58□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 C2orf71A6NGG8 1288 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 UGT1A9O60656 530 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 TBX18O95935 607 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 DLDP09622 509 aaKnown RBP7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 ALOX15P16050 662 aaPredicted RBP7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 PSMB9P28065 219 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 NMBRP28336 390 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 MAGEA12P43365 314 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 DGKEP52429 567 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 SEC13P55735 322 aa7.57□□□□□ -1.2
USP54-210ENST00000466048 RAB10P61026 200 aa7.57□□□□□ -1.2
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.7 ms