RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 hCG_1818297A0A087WSY0 165 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GRID2IPA4D2P6 1211 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 A8MX80 341 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 FZD6O60353 706 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CST8O60676 142 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 JCHAINP01591 159 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PDHA1P08559 390 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PECAM1P16284 738 aaPredicted RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GM2AP17900 193 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CTNNA1P35221 906 aaKnown RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ARRB1P49407 418 aaPredicted RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NAP1L1P55209 391 aaKnown RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SIM1P81133 766 aaPredicted RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ITKQ08881 620 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NIPAL4Q0D2K0 466 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 AGERQ15109 404 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PDK1Q15118 436 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PTPRRQ15256 657 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 KAZNQ674X7 775 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 B4GALNT4Q76KP1 1039 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 DPPA4Q7L190 304 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 LRRC8AQ8IWT6 810 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 EXD1Q8NHP7 514 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 KIAA1524Q8TCG1 905 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PCDHA3Q9Y5H8 950 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 UQCRHLA0A096LP55 91 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 A0A1W2PQ67 120 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CFAP69A5D8W1 941 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 DYNC1I1O14576 645 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PGLSO95336 258 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CPP00450 1065 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 UQCRHP07919 91 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PMLP29590 882 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GRK6P43250 576 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 RABIFP47224 123 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PEX5P50542 639 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 IFI35P80217 286 aaPredicted RBP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 AP1B1Q10567 949 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 TFDP2Q14188 446 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 FZD2Q14332 565 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 IRF4Q15306 451 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 WSCD2Q2TBF2 565 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GLRX5Q86SX6 157 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PAF1Q8N7H5 531 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PIH1D2Q8WWB5 315 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 B4GALT6Q9UBX8 382 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PHTF1Q9UMS5 762 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SBDSQ9Y3A5 250 aaKnown RBP eCLIP15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PPIL1Q9Y3C6 166 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 TTLL3Q9Y4R7 772 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 RAI2Q9Y5P3 530 aa15.9■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SPTY2D1-AS1A0A0U1RR47 76 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 MACROD2A1Z1Q3 448 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 YKT6O15498 198 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 SDC3O75056 442 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ITGAVP06756 1048 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 MMP2P08253 660 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 NR2C2P49116 596 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 LRRC14Q15048 493 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 DNTTIP2Q5QJE6 756 aaKnown RBP15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ARMC12Q5T9G4 340 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 NT5DC3Q86UY8 548 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 DCP2Q8IU60 420 aaKnown RBP15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 HERPUD2Q9BSE4 406 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CEP41Q9BYV8 373 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 WASF3Q9UPY6 502 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ASPMQ8IZT6 3477 aa15.89■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 NPIPB15A6NHN6 443 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PPP1R12AO14974 1030 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 LZTS3O60299 673 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 TOP3BO95985 862 aaKnown RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PRLP01236 227 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ELFN1P0C7U0 828 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 TGM2P21980 687 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CES1P23141 567 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CTNNA2P26232 953 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 KIF5AQ12840 1032 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PDE1CQ14123 709 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PRKD1Q15139 912 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CNGA3Q16281 694 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PPP2R5EQ16537 467 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ZNF542PQ5EBM4 170 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CCDC50Q8IVM0 306 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CBARPQ8N350 705 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 SLC25A45Q8N413 288 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ALG3Q92685 438 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 SCRN2Q96FV2 425 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 RBM41Q96IZ5 413 aaKnown RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 SMIM14Q96QK8 99 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 C1QTNF7Q9BXJ2 289 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 TDRD1Q9BXT4 1180 aaKnown RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 TOR4AQ9NXH8 423 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 KLF15Q9UIH9 416 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 PNMA8BQ9ULN7 279 aaPredicted RBP15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 ADGRG1Q9Y653 693 aa15.88■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 A0A0U1RQS6 177 aa15.87■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 CCDC66A2RUB6 948 aa15.87■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 NEBLO76041 1014 aa15.87■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 RECQL5O94762 991 aaPredicted RBP15.87■□□□□ 0.13
CLN3-201ENST00000333496 LHCGRP22888 699 aa15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.2 ms