RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 CARD11Q9BXL7 1154 aa26.21■■□□□ 1.79
CLN3-241ENST00000635861 CAMKK2Q96RR4 588 aa26.2■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 NFAT5O94916 1531 aa26.19■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 NUP188Q5SRE5 1749 aa26.19■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 WDR17Q8IZU2 1322 aa26.18■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 APBA3O96018 575 aa26.18■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 EZH2Q15910 746 aaKnown RBP26.18■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 ARHGEF25Q86VW2 580 aa26.18■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 ZBTB7CA1YPR0 619 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 PSDA5PKW4 1024 aaPredicted RBP26.17■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 OVOS2A0A0G2JMS6 1433 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 OVOS2Q6IE36 1432 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 TOM1L2Q6ZVM7 507 aa26.16■■□□□ 1.78
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CLN3-241ENST00000635861 USP31Q70CQ4 1352 aa26.15■■□□□ 1.78
CLN3-241ENST00000635861 LTN1O94822 1766 aa26.15■■□□□ 1.78
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CLN3-241ENST00000635861 CD163L1Q9NR16 1453 aa26.13■■□□□ 1.77
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CLN3-241ENST00000635861 AXIN2Q9Y2T1 843 aa26.13■■□□□ 1.77
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CLN3-241ENST00000635861 SLC24A1O60721 1099 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-241ENST00000635861 CARD10Q9BWT7 1032 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-241ENST00000635861 BCL9O00512 1426 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-241ENST00000635861 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP26.09■■□□□ 1.77
CLN3-241ENST00000635861 EDC4Q6P2E9 1401 aaKnown RBP26.09■■□□□ 1.77
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CLN3-241ENST00000635861 NINLQ9Y2I6 1382 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 NBPF14Q5TI25 921 aa26.06■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 TERF2IPQ9NYB0 399 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 SOX12O15370 315 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 TMC1Q8TDI8 760 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP26.04■■□□□ 1.76
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CLN3-241ENST00000635861 FAM208AQ9UK61 1670 aaKnown RBP26.02■■□□□ 1.76
CLN3-241ENST00000635861 A0A1W2PP64 1363 aa26.01■■□□□ 1.75
CLN3-241ENST00000635861 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP26.01■■□□□ 1.75
CLN3-241ENST00000635861 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa26.01■■□□□ 1.75
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CLN3-241ENST00000635861 NME9Q86XW9 330 aa26■■□□□ 1.75
CLN3-241ENST00000635861 TNS2Q63HR2 1409 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-241ENST00000635861 ERBB3P21860 1342 aa25.99■■□□□ 1.75
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CLN3-241ENST00000635861 MARCH10Q8NA82 808 aaPredicted RBP25.98■■□□□ 1.75
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CLN3-241ENST00000635861 NHSQ6T4R5 1651 aa25.96■■□□□ 1.75
CLN3-241ENST00000635861 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa25.95■■□□□ 1.74
CLN3-241ENST00000635861 KAT6BQ8WYB5 2073 aa25.92■■□□□ 1.74
CLN3-241ENST00000635861 NLRP2Q9NX02 1062 aa25.9■■□□□ 1.74
CLN3-241ENST00000635861 CASZ1Q86V15 1759 aa25.9■■□□□ 1.74
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CLN3-241ENST00000635861 ANKRD24Q8TF21 1146 aa25.89■■□□□ 1.74
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa25.89■■□□□ 1.73
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CLN3-241ENST00000635861 SPON1Q9HCB6 807 aa25.86■■□□□ 1.73
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CLN3-241ENST00000635861 PTF1AQ7RTS3 328 aa25.85■■□□□ 1.73
CLN3-241ENST00000635861 KIF20BQ96Q89 1820 aa25.84■■□□□ 1.73
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CLN3-241ENST00000635861 PROM2Q8N271 834 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 RGPD2P0DJD1 1756 aa25.82■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 TXNRD1Q16881 649 aa25.81■■□□□ 1.72
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CLN3-241ENST00000635861 RTL1A6NKG5 1358 aa25.8■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K19Q56UN5 1328 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 HOXC9P31274 260 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R1BQ9UD71 204 aaPredicted RBP25.78■■□□□ 1.72
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CLN3-241ENST00000635861 CLSPNQ9HAW4 1339 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 STK32BQ9NY57 414 aa25.77■■□□□ 1.72
CLN3-241ENST00000635861 SHANK3Q9BYB0 1731 aa25.76■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 MYOM1P52179 1685 aa25.76■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 AMPHP49418 695 aa25.75■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 SLC15A2Q16348 729 aa25.74■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 QSER1Q2KHR3 1735 aa25.74■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 ACSBG1Q96GR2 724 aa25.73■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 FYB1O15117 783 aa25.72■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 DOT1LQ8TEK3 1739 aa25.72■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP25.71■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 KIF24Q5T7B8 1368 aa25.71■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 SMG6Q86US8 1419 aaKnown RBP25.71■■□□□ 1.71
CLN3-241ENST00000635861 LY75O60449 1722 aa25.69■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 CGNL1Q0VF96 1302 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 GGNBP2Q9H3C7 697 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 DCAF8L1A6NGE4 600 aa25.66■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 DDX54Q8TDD1 881 aaKnown RBP25.65■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 MEGF6O75095 1541 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 INSRP06213 1382 aa25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 FBLN1P23142 703 aa25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 SLC27A3Q5K4L6 730 aa25.64■■□□□ 1.7
CLN3-241ENST00000635861 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP25.64■■□□□ 1.7
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