RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563952.1

CMTM4-204, Transcript of CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene CMTM4, Length 1,023 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CMTM4-204	ENST00000563952	RGPD5	Q99666	1765 aa		42.84	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	EP400	Q96L91	3159 aa		42.83	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	CRB1	P82279	1406 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		42.82	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	42.82	■■■■■ 4.45
CMTM4-204	ENST00000563952	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		42.81	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	MYOM1	P52179	1685 aa		42.8	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	CCDC125	Q86Z20	511 aa		42.8	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	LTN1	O94822	1766 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		42.78	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		42.77	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	THRAP3	Q9Y2W1	955 aa	Known RBP	42.77	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	FAM182B	Q5T319	152 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	COG3	Q96JB2	828 aa		42.76	■■■■■ 4.44
CMTM4-204	ENST00000563952	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		42.75	■■■■■ 4.43
CMTM4-204	ENST00000563952	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	42.75	■■■■■ 4.43
CMTM4-204	ENST00000563952	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		42.75	■■■■■ 4.43
CMTM4-204	ENST00000563952	ABCC6	O95255	1503 aa		42.74	■■■■■ 4.43
CMTM4-204	ENST00000563952	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	42.68	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		42.67	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	FYB1	O15117	783 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	PDE3B	Q13370	1112 aa		42.66	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		42.65	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	42.64	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		42.64	■■■■■ 4.42
CMTM4-204	ENST00000563952	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		42.63	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		42.62	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	WNK3	Q9BYP7	1800 aa		42.6	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	FBLN1	P23142	703 aa		42.6	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	ERBB3	P21860	1342 aa		42.59	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		42.58	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		42.57	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		42.57	■■■■■ 4.41
CMTM4-204	ENST00000563952	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	LRRC37A3	O60309	1634 aa		42.56	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		42.55	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	IP6K1	Q92551	441 aa		42.55	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		42.55	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	CCDC7	Q96M83	1385 aa		42.53	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	AMPH	P49418	695 aa		42.52	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	DDB1	Q16531	1140 aa		42.52	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	42.51	■■■■■ 4.4
CMTM4-204	ENST00000563952	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	42.5	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	42.49	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	42.49	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	TRIM37	O94972	964 aa		42.48	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	BAG6	P46379	1132 aa		42.48	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	HOXC9	P31274	260 aa		42.47	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	DISP2	A7MBM2	1401 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	TNS1	Q9HBL0	1735 aa	Known RBP	42.46	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		42.46	■■■■■ 4.39
CMTM4-204	ENST00000563952	RTL1	A6NKG5	1358 aa		42.41	■■■■■ 4.38
CMTM4-204	ENST00000563952	PANK3	Q9H999	370 aa		42.41	■■■■■ 4.38
CMTM4-204	ENST00000563952	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	42.41	■■■■■ 4.38
CMTM4-204	ENST00000563952	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		42.4	■■■■■ 4.38
CMTM4-204	ENST00000563952	PEAK1	Q9H792	1746 aa		42.38	■■■■■ 4.38
CMTM4-204	ENST00000563952	EXOC5	O00471	708 aa		42.38	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	EN1	Q05925	392 aa	Predicted RBP	42.38	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	IL2RB	P14784	551 aa		42.36	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	MARCH10	Q8NA82	808 aa	Predicted RBP	42.35	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	APBA3	O96018	575 aa		42.33	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	TNS2	Q63HR2	1409 aa		42.33	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		42.32	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		42.32	■■■■■ 4.37
CMTM4-204	ENST00000563952	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	FLT4	P35916	1363 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		42.29	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		42.28	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	42.28	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	SBF2	Q86WG5	1849 aa		42.27	■■■■■ 4.36
CMTM4-204	ENST00000563952	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		42.26	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	42.25	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	42.25	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	INSR	P06213	1382 aa		42.25	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	42.23	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	42.23	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		42.21	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		42.2	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	NBPF4	Q96M43	638 aa		42.2	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	BCL9	O00512	1426 aa		42.2	■■■■■ 4.35
CMTM4-204	ENST00000563952	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		42.18	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		42.18	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	NSD2	O96028	1365 aa		42.17	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	PTF1A	Q7RTS3	328 aa		42.16	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	42.16	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	POLK	Q9UBT6	870 aa		42.15	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		42.14	■■■■■ 4.34
CMTM4-204	ENST00000563952	MEGF6	O75095	1541 aa		42.12	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	42.11	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	MORC1	Q86VD1	984 aa		42.1	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		42.1	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	RREB1	Q92766	1687 aa		42.09	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	ACSBG1	Q96GR2	724 aa		42.08	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	PSD	A5PKW4	1024 aa	Predicted RBP	42.07	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		42.07	■■■■■ 4.33
CMTM4-204	ENST00000563952	KCNQ2	O43526	872 aa		42.05	■■■■■ 4.32
CMTM4-204	ENST00000563952	ZCRB1	Q8TBF4	217 aa	Known RBP	42.05	■■■■■ 4.32
CMTM4-204	ENST00000563952	NHS	Q6T4R5	1651 aa		42.05	■■■■■ 4.32
CMTM4-204	ENST00000563952	NUP188	Q5SRE5	1749 aa		42.03	■■■■■ 4.32

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.5 ms