RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247		I6L893	689 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247		M0QYT0	321 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	NCAM2	O15394	837 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RGS16	O15492	202 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAPPC3	O43617	180 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CLEC3A	O75596	197 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DDHD2	O94830	711 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM63A	O94886	807 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNB1	P01574	187 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	C1QA	P02745	245 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ITGB1	P05556	798 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MLN	P12872	115 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ETS1	P14921	441 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	LSP1	P33241	339 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ARL4A	P40617	200 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CCNF	P41002	786 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ETV3	P41162	512 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	BRCC3	P46736	316 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS41	P49754	854 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CDR1	P51861	262 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ATXN1	P54253	815 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MAGOH	P61326	146 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DYNLT1	P63172	113 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	GBE1	Q04446	702 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	YWHAH	Q04917	246 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RNASEL	Q05823	741 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DEUP1	Q05D60	604 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC10A2	Q12908	348 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP2R5D	Q14738	602 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	KYNU	Q16719	465 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ARL13B	Q3SXY8	428 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC38	Q502W7	563 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DCAF6	Q58WW2	860 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	BRMS1L	Q5PSV4	323 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ACBD5	Q5T8D3	534 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MANEAL	Q5VSG8	457 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SYPL2	Q5VXT5	272 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD22	Q5VYY1	191 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SCYL2	Q6P3W7	929 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF449	Q6P9G9	518 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	NPNT	Q6UXI9	565 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RFX8	Q6ZV50	586 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TAOK1	Q7L7X3	1001 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TADA2B	Q86TJ2	420 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PRUNE1	Q86TP1	453 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM131B	Q86XD5	332 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TP53INP2	Q8IXH6	220 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF168	Q8IYW5	571 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DCP1B	Q8IZD4	617 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PDIK1L	Q8N165	341 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF276	Q8N554	614 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM71D	Q8N9W8	422 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP11C	Q8NB49	1132 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF169	Q8NCN4	708 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF139	Q8WU17	664 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	C2orf15	Q8WU43	125 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SEPT8	Q92599	483 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM149B1	Q96BN6	582 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SPATA13	Q96N96	652 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CASD1	Q96PB1	797 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	HAPLN3	Q96S86	360 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNK16	Q96T55	309 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC77	Q9BR77	488 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	WDR83	Q9BRX9	315 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL9	Q9BYD2	267 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	EPN3	Q9H201	632 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	DHX35	Q9H5Z1	703 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SAYSD1	Q9NPB0	183 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SEMA3G	Q9NS98	782 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PIGV	Q9NUD9	493 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TMLHE	Q9NVH6	421 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF38	Q9NXL2	777 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SENP1	Q9P0U3	644 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	IGSF9	Q9P2J2	1179 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	NEU3	Q9UQ49	428 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	NAALADL1	Q9UQQ1	740 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SCML2	Q9UQR0	700 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TMA7	Q9Y2S6	64 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX264	Q9Y6I9	313 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CLUH	O75153	1309 aa		5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	ATXN2	Q99700	1313 aa	Known RBP	5.7	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIP12	Q14669	1992 aa	Predicted RBP	5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	TCRBV7S3A2	A0A539	114 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247		H7C0C1	242 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247		I3L4J1	428 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	IRAK2	O43187	625 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MTSS1	O43312	755 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	MFSD11	O43934	449 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNG3	O60359	315 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	OPHN1	O60890	802 aa		5.69	□□□□□ -1.5
ATG4A-208	ENST00000489247	SUN1	O94901	812 aa		5.69	□□□□□ -1.5

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