RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000613444.4

USP39-220, Transcript of ubiquitin specific peptidase 39, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP39, Length 2,161 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39-220ENST00000613444 RASA4BC9J798 803 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 MTSS1O43312 755 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 RASA4O43374 803 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 BASP1P80723 227 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 HYAL1Q12794 435 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ARHGAP15Q53QZ3 475 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CHRDL2Q6WN34 429 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CHST9Q7L1S5 443 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 BBS7Q8IWZ6 715 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ITFG1Q8TB96 612 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 GORASP1Q9BQQ3 440 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SEPT10Q9P0V9 454 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ZNF197O14709 1029 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 NDC80O14777 642 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CHADO15335 359 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TSPAN3O60637 253 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CLDN11O75508 207 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 PRAMEF12O95522 483 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CD68P34810 354 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 HSD17B3P37058 310 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 AVPR1AP37288 418 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 YBEYP58557 167 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IFI35P80217 286 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SEMA5AQ13591 1074 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TEX44Q53QW1 395 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 UBAP2Q5T6F2 1119 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CNTD1Q8N815 330 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SH3RF2Q8TEC5 729 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 MAML1Q92585 1016 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 FATE1Q969F0 183 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IL12RB2Q99665 862 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 FOXP3Q9BZS1 431 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 VIPAS39Q9H9C1 493 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IGSF9Q9P2J2 1179 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IPO11Q9UI26 975 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TBC1D30Q9Y2I9 924 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ATP8A1Q9Y2Q0 1164 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SH3BP1Q9Y3L3 701 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SPTBN5Q9NRC6 3674 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 DOCK8Q8NF50 2099 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 A0A1B0GVM2 712 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TCAF2A6NFQ2 919 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SPDYE4A6NLX3 237 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 MATN3O15232 486 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 RAMP2O60895 175 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 STK10O94804 968 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ACVRL1P37023 503 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SERINC3Q13530 473 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 POLD3Q15054 466 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 PARP15Q460N3 678 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TCEAL5Q5H9L2 206 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ARHGEF18Q6ZSZ5 1173 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 RELL1Q8IUW5 271 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IQCKQ8N0W5 287 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CPXM2Q8N436 756 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TEKT5Q96M29 485 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 VAT1Q99536 393 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 FERMT1Q9BQL6 677 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 NSUN3Q9H649 340 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 IGFLR1Q9H665 355 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TDP1Q9NUW8 608 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 DZANK1Q9NVP4 752 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 LSM7Q9UK45 103 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ZNF510Q9Y2H8 683 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 A0A0D9SEW6 157 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 E2F8A0AVK6 867 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ARHGAP42A6NI28 874 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 J3KR12 359 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SMAPO00193 183 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 LINC01565O15544 149 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ZBTB24O43167 697 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 JCHAINP01591 159 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CCNB1P14635 433 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CBLBQ13191 982 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CBX2Q14781 532 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TTC39BQ5VTQ0 682 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 RNF43Q68DV7 783 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 CXorf57Q6NSI4 855 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 PID1Q7Z2X4 250 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ING5Q8WYH8 240 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ARHGEF2Q92974 986 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 SEMA4AQ9H3S1 761 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ZNF576Q9H609 170 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 PIDD1Q9HB75 910 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 DNAJC17Q9NVM6 304 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 ZMYM5Q9UJ78 669 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 TRHDEQ9UKU6 1024 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 MRPS23Q9Y3D9 190 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-220ENST00000613444 GOLGA8MH3BSY2 632 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 CACNG3O60359 315 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 TCF3P15923 654 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 PSMB4P28070 264 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 FDFT1P37268 417 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 PMS2P54278 862 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 SLMAPQ14BN4 828 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 ZNF77Q15935 545 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 PARP6Q2NL67 630 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 SPDYCQ5MJ68 293 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 SYCP2LQ5T4T6 812 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-220ENST00000613444 TIGD7Q6NT04 549 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.5 ms