RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		7.59	□□□□□ -1.19
ATXN3-238	ENST00000556288	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		7.59	□□□□□ -1.19
ATXN3-238	ENST00000556288	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		7.59	□□□□□ -1.19
ATXN3-238	ENST00000556288	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	GJA5	P36382	358 aa		7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288		Q3C1V9	767 aa		7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	PCDHGC3	Q9UN70	934 aa		7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NUP160	Q12769	1436 aa		7.58	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	GOPC	Q9HD26	462 aa		7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		7.57	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	SHROOM2	Q13796	1616 aa		7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	ARAP1	Q96P48	1450 aa		7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	C6orf229	H3BNL8	230 aa		7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		7.56	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	IQGAP2	Q13576	1575 aa		7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	BRICD5	Q6PL45	260 aa		7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF19B	Q6ZMZ0	732 aa		7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NKX2-3	Q8TAU0	364 aa		7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	THAP11	Q96EK4	314 aa		7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	7.55	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	TLL1	O43897	1013 aa		7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	SPSB2	Q99619	263 aa		7.54	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	POTEC	B2RU33	542 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	HRC	P23327	699 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	MTMR2	Q13614	643 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	QPCT	Q16769	361 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	TSPOAP1	O95153	1857 aa		7.53	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	EEA1	Q15075	1411 aa		7.52	□□□□□ -1.2
ATXN3-238	ENST00000556288	ADH1B	P00325	375 aa		7.52	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	7.52	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	LILRB3	O75022	631 aa		7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	RETREG3	Q86VR2	466 aa		7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PTPRG	P23470	1445 aa		7.51	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PRX	Q9BXM0	1461 aa		7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	ARID3C	A6NKF2	412 aa		7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PRR7	Q8TB68	274 aa		7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC6A16	Q9GZN6	736 aa		7.5	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	TREML4	Q6UXN2	200 aa		7.49	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	S1PR4	O95977	384 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	MYT1	Q01538	1121 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	MSS51	Q4VC12	460 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	TSC1	Q92574	1164 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	KIF21B	O75037	1637 aa		7.48	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	CFAP99	D6REC4	459 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	GGCX	P38435	758 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	PRDM9	Q9NQV7	894 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	GOLGA3	Q08378	1498 aa		7.47	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA0556	O60303	1618 aa		7.46	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		7.46	□□□□□ -1.21
ATXN3-238	ENST00000556288	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		7.46	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	RFC5	P40937	340 aa		7.46	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		7.46	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		7.45	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	JUND	P17535	347 aa		7.45	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	DISP1	Q96F81	1524 aa		7.45	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	AP1G2	O75843	785 aa		7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	DXO	O77932	396 aa	Known RBP	7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	MMP16	P51512	607 aa		7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	7.44	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF223	E7ERA6	249 aa		7.43	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	DESI1	Q6ICB0	168 aa		7.43	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	UACA	Q9BZF9	1416 aa		7.43	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	7.42	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		7.42	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		7.42	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	PKDCC	Q504Y2	493 aa		7.42	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	DGAT1	O75907	488 aa		7.41	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	LYPD8	Q6UX82	237 aa		7.41	□□□□□ -1.22
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		7.41	□□□□□ -1.22

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