RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP27.77■■■□□ 2.04
TMEM260-216ENST00000557657 GLI2P10070 1586 aa27.76■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 MTHFSP49914 203 aa27.75■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa27.75■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 IPO9Q96P70 1041 aaKnown RBP27.75■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP27.74■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 TULP4Q9NRJ4 1543 aa27.72■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 WWC1Q8IX03 1113 aa27.72■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 BACH2Q9BYV9 841 aa27.72■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 RICTORQ6R327 1708 aa27.71■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 PIK3C2BO00750 1634 aa27.71■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 EVC2Q86UK5 1308 aa27.71■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 NBR1Q14596 966 aa27.7■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 KDM2BQ8NHM5 1336 aa27.7■■■□□ 2.03
TMEM260-216ENST00000557657 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP27.7■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 E9PSI1 815 aa27.7■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 CGNL1Q0VF96 1302 aa27.68■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP27.67■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 TCP11L2Q8N4U5 519 aa27.67■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF28Q8N1W1 1705 aaKnown RBP27.66■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP27.66■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 SHPRHQ149N8 1683 aa27.66■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 MYO5BQ9ULV0 1848 aa27.66■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 FAM69CQ0P6D2 419 aa27.65■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP27.65■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP27.64■■■□□ 2.02
TMEM260-216ENST00000557657 MS4A1P11836 297 aa27.63■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 GGNBP2Q9H3C7 697 aa27.63■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 SLC52A1Q9NWF4 448 aa27.63■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa27.63■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 PRAM1Q96QH2 718 aa27.62■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 RUNDC1Q96C34 613 aa27.62■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa27.61■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 PANK1Q8TE04 598 aa27.6■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 A0A1W2PP64 1363 aa27.6■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 BCL2L13Q9BXK5 485 aa27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 MLECQ14165 292 aa27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 TNNQ9UQP3 1299 aa27.58■■■□□ 2.01
TMEM260-216ENST00000557657 RGS3P49796 1198 aa27.57■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 POGKQ9P215 609 aa27.56■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 COG6Q9Y2V7 657 aa27.56■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 STAG3Q9UJ98 1225 aa27.55■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 PREX1Q8TCU6 1659 aa27.55■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 CFAP53Q96M91 514 aa27.55■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa27.54■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 IGHDP01880 384 aa27.54■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 CANXP27824 592 aaKnown RBP27.54■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 IQSEC2Q5JU85 1478 aa27.53■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 TSPOAP1O95153 1857 aa27.52■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 PTPRMP28827 1452 aa27.52■■■□□ 2
TMEM260-216ENST00000557657 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP27.51■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 FBLN1P23142 703 aa27.51■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP27.5■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 ZFYVE9O95405 1425 aa27.5■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP27.5■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 USP32Q8NFA0 1604 aa27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 FYB1O15117 783 aa27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 RARSP54136 660 aaKnown RBP27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 WAPLQ7Z5K2 1190 aa27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 NGEFQ8N5V2 710 aa27.49■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 RLBP1P12271 317 aa27.47■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 CDK19Q9BWU1 502 aa27.47■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 CABP1Q9NZU7 370 aa27.47■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 ABCC11Q96J66 1382 aa27.47■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 CLUAP1Q96AJ1 413 aa27.46■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP27.46■■□□□ 1.99
TMEM260-216ENST00000557657 TSR2Q969E8 191 aaKnown RBP27.45■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 CD163L1Q9NR16 1453 aa27.44■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 C8orf34Q49A92 452 aa27.44■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 NSD2O96028 1365 aa27.42■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 WDR63Q8IWG1 891 aa27.42■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 SLC4A3P48751 1232 aa27.42■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 PDE3AQ14432 1141 aa27.42■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP27.42■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 ALKQ9UM73 1620 aa27.41■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 TERF2IPQ9NYB0 399 aa27.4■■□□□ 1.98
TMEM260-216ENST00000557657 PLEKHF1Q96S99 279 aa27.38■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 DIP2BQ9P265 1576 aa27.38■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 ATAD2Q6PL18 1390 aa27.38■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 FAM161AQ3B820 660 aa27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC27Q2M243 656 aa27.37■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 NLRP1Q9C000 1473 aa27.35■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 PCDHB15Q9Y5E8 787 aa27.35■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 DEKP35659 375 aaKnown RBP27.35■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 TRIM35Q9UPQ4 493 aa27.35■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 TMPOP42166 694 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP27.33■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa27.33■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 COL3A1P02461 1466 aaPredicted RBP27.33■■□□□ 1.97
TMEM260-216ENST00000557657 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa27.32■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.1 ms