RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471274.1

PTPRD-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type D, human

TSL 5

Gene PTPRD, Length 1,205 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRD-208	ENST00000471274	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		14.07	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		14.07	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		14.07	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	ZBTB12	Q9Y330	459 aa	Predicted RBP	14.07	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		14.06	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	KCNA6	P17658	529 aa		14.05	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	SIRT1	Q96EB6	747 aa		14.05	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	SLC24A1	O60721	1099 aa		14.04	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		14.04	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	PTPRU	Q92729	1446 aa		14.04	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	ADGRB2	O60241	1585 aa		14.04	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	SBNO2	Q9Y2G9	1366 aa		14.03	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		14.03	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		14.03	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		14.02	□□□□□ -0.16
PTPRD-208	ENST00000471274	DCC	P43146	1447 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	USP47	Q96K76	1375 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRD-208	ENST00000471274	POGK	Q9P215	609 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	STK26	Q9P289	416 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	MSH6	P52701	1360 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	TMEM94	Q12767	1356 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	PRAM1	Q96QH2	718 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	ITSN1	Q15811	1721 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	CDCA8	Q53HL2	280 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRD-208	ENST00000471274	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	EVC2	Q86UK5	1308 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	C14orf37	Q86TY3	774 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	KIF1A	Q12756	1690 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	TMF1	P82094	1093 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	TESK2	Q96S53	571 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	ATF3	P18847	181 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	ATP7B	P35670	1465 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
PTPRD-208	ENST00000471274	MST1R	Q04912	1400 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	USP32	Q8NFA0	1604 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	CERK	Q8TCT0	537 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	MYOM1	P52179	1685 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	TOM1	O60784	492 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	CDK19	Q9BWU1	502 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRD-208	ENST00000471274	AKAP12	Q02952	1782 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	PPIP5K1	Q6PFW1	1433 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	CCDC7	Q96M83	1385 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	POLR3A	O14802	1390 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	SLAIN2	Q9P270	581 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	CABP2	Q9NPB3	220 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	CPSF1	Q10570	1443 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	FKBP8	Q14318	412 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRD-208	ENST00000471274	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21

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