RNA–Protein interactions for RNA: YOL054W

PSH1, Transcript of E3 ubiquitin ligase targeting centromere-binding protein Cse4p, yeast

Gene PSH1, Length 1,221 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PSH1	YOL054W	LCB3	P47013	409 aa		4.34	□□□□□ -1.71
PSH1	YOL054W	YDL186W	P48568	277 aa		4.34	□□□□□ -1.71
PSH1	YOL054W	SBH2	P52871	88 aa		4.34	□□□□□ -1.71
PSH1	YOL054W	HMRA2	P0CY13	119 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	MIC12	P38341	106 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YNL217W	P40152	326 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YPL261C	Q08976	102 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	BPH1	P25356	2167 aa		4.33	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	AGA1	P32323	725 aa		4.32	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YEL067C	P39978	195 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YGL260W	P53056	76 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YNR077C	P53758	84 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	MSA1	Q08471	629 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YOR097C	Q12274	175 aa	Predicted RBP	4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	SPO24	Q3E752	67 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YOR008C-A	Q3E7B9	74 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	IGO2	Q9P305	131 aa		4.31	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YDL022C-A	P0C5L6	82 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	NHP2	P32495	156 aa	Predicted RBP	4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	OXA1	P39952	402 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YNL194C	P40169	301 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	PRM3	Q08931	133 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	CCW12	Q12127	133 aa		4.3	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	CCW14	O13547	238 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	TOA2	P32774	122 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YHR022C	P38763	256 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	AIM11	P87275	137 aa		4.29	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	MRPL23	Q12487	163 aa	Predicted RBP	4.29	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	TRP1	P00912	224 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	RPS8A	P0CX39	200 aa	Known RBP	4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	RPS8B	P0CX40	200 aa	Known RBP	4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YIR020C	P40575	100 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	LSM6	Q06406	86 aa	Known RBP	4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YBR200W-A	Q3E755	54 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	YCL021W-A	Q96VH3	125 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PSH1	YOL054W	VAR1	P02381	398 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	SPS100	P13130	326 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	ATX1	P38636	73 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	DCV1	P43595	202 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	KEG1	P43614	200 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YFR057W	P43625	151 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	OST2	P46964	130 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YGR025W	P53216	100 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YLR194C	Q05777	254 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YNL146C-A	Q3E7Z1	64 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	ABM1	P47146	123 aa		4.26	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YIP3	P53633	176 aa		4.26	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	AIM34	Q03673	198 aa		4.26	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	HPA2	Q06592	156 aa		4.26	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	HHF1	P02309	103 aa	Known RBP	4.25	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	INO2	P26798	304 aa		4.25	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	4.25	□□□□□ -1.73	not detected
PSH1	YOL054W	YJR146W	P47174	117 aa		4.25	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	PBA1	Q05778	276 aa		4.25	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	ATP15	P21306	62 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	VMA11	P32842	164 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YER085C	P40058	173 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YOL085C	Q99345	113 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	COX10	P21592	462 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YCL042W	P25572	119 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	RPL16A	P26784	199 aa	Known RBP	4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	PEX17	P40155	199 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	RRG8	Q06109	277 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YPR013C	Q12145	317 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	PRM7	Q12459	698 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	YER078W-A	Q3E7A2	54 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	ISD11	Q6Q560	94 aa		4.23	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	Q0255	P03881	472 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	INO4	P13902	151 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	RPL16B	P26785	198 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	VPS55	P47111	140 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	TOS8	P53147	276 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	MRPS12	P53732	153 aa		4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	TMC1	Q08422	150 aa	Predicted RBP	4.22	□□□□□ -1.73
PSH1	YOL054W	RPL18A	P0CX49	186 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	RPL18B	P0CX50	186 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	RPA12	P32529	125 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	UGX2	P32772	223 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YER135C	P40082	130 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	SPG4	Q04438	115 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	HOR7	Q05827	59 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YLR042C	Q07990	161 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YOR011W-A	Q3E807	68 aa		4.21	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YCH1	P42937	148 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YFL065C	P43539	102 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YPR203W	Q08994	102 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	RPL28	P02406	149 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	QCR8	P08525	94 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YCR085W	P25650	117 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	SHU1	P38751	150 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	MIG3	P39943	394 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	FIP1	P45976	327 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	MRPS8	Q03799	155 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YMR244W	Q04018	355 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YCR075W-A	Q3E830	75 aa		4.19	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	KRE9	P39005	276 aa		4.18	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	RRT13	P40042	185 aa		4.18	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	YJR085C	P47131	105 aa	Known RBP	4.18	□□□□□ -1.74
PSH1	YOL054W	CAX4	P53223	239 aa		4.18	□□□□□ -1.74

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