RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470531.5

CHD3-208, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 3, human

TSL 2

Gene CHD3, Length 3,744 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD3-208	ENST00000470531	HSPA4L	O95757	839 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CXCL8	P10145	99 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ENO3	P13929	434 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PEX5	P50542	639 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	STAT5B	P51692	787 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	GDF10	P55107	478 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MARS	P56192	900 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NR1H3	Q13133	447 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	TMED1	Q13445	227 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PTAR1	Q7Z6K3	402 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	RCOR2	Q8IZ40	523 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	EIF1AD	Q8N9N8	165 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	JOSD2	Q8TAC2	188 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	UCMA	Q8WVF2	138 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NMD3	Q96D46	503 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CPB2	Q96IY4	423 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	FGD4	Q96M96	766 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PTPRH	Q9HD43	1115 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ARL8B	Q9NVJ2	186 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NDE1	Q9NXR1	346 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	EP400	Q96L91	3159 aa		11.17	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	UBR2	Q8IWV8	1755 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ZMYM2	Q9UBW7	1377 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	IQCJ-SCHIP1	C9J366	451 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CCDC22	O60826	627 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NELFE	P18615	380 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	INHBE	P58166	350 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SLC25A3	Q00325	362 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PGM5	Q15124	567 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	KHDC1	Q4VXA5	237 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SH3PXD2A	Q5TCZ1	1133 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	IZUMO2	Q6UXV1	221 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MAP7D3	Q8IWC1	876 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SCUBE3	Q8IX30	993 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MMP19	Q99542	508 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SIK2	Q9H0K1	926 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	DENND2D	Q9H6A0	471 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	KLK14	Q9P0G3	267 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CHKB	Q9Y259	395 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ANKRD12	Q6UB98	2062 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	FCHO1	O14526	889 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ATP6V1G1	O75348	118 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NPTXR	O95502	500 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CAV1	Q03135	178 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CACNB2	Q08289	660 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ASPH	Q12797	758 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SEPT6	Q14141	434 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MTFR1	Q15390	333 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	LY6K	Q17RY6	165 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MMEL1	Q495T6	779 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	TFDP3	Q5H9I0	405 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SCARA3	Q6AZY7	606 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	DPY19L2P1	Q6NXN4	242 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	IYD	Q6PHW0	289 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ABRA	Q8N0Z2	381 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	C12orf29	Q8N999	325 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	HELQ	Q8TDG4	1101 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	UTP4	Q969X6	686 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	VCX3B	Q9H321	246 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	APOBEC2	Q9Y235	224 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	TCRBV7S3A2	A0A539	114 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	TPST1	O60507	370 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	LYPLA1	O75608	230 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CSPG5	O95196	566 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PRKCB	P05771	671 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CALB1	P05937	261 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	GLRA2	P23416	452 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CYP3A7	P24462	503 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	AVPR1A	P37288	418 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	DEUP1	Q05D60	604 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	RIPK1	Q13546	671 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	UBAP2L	Q14157	1087 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CCNG2	Q16589	344 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	HYI	Q5T013	277 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	DENND5B	Q6ZUT9	1274 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	ADAM32	Q8TC27	787 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SEC14L1	Q92503	715 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PRR11	Q96HE9	360 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	NSL1	Q96IY1	281 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	MARK4	Q96L34	752 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PGLYRP2	Q96PD5	576 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	PDGFD	Q9GZP0	370 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	WASF2	Q9Y6W5	498 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531		V9GYQ6	96 aa		11.16	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531		A0A1B0GUL6	1792 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SPDYE6	P0CI01	402 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SERPINB5	P36952	375 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	SLC1A1	P43005	524 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	STXBP2	Q15833	593 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	C11orf91	Q3C1V1	193 aa		11.15	□□□□□ -0.62
CHD3-208	ENST00000470531	CGB2	Q6NT52	195 aa		11.15	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.7 ms