RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478932.1

USP25-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 25, human

TSL 1 (best)

Gene USP25, Length 2,605 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP25-208	ENST00000478932	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	C3orf20	Q8ND61	904 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GSTCD	Q8NEC7	633 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	OR2W6P	Q8NHA6	318 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	RAPGEF5	Q92565	580 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	LPP	Q93052	612 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PLVAP	Q9BX97	442 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	OSBPL8	Q9BZF1	889 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	RAB6C	Q9H0N0	254 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	LHX5	Q9H2C1	402 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	DPEP3	Q9H4B8	488 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	VIPAS39	Q9H9C1	493 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PCSK1N	Q9UHG2	260 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	IP6K2	Q9UHH9	426 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TSPAN16	Q9UKR8	245 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	WDR3	Q9UNX4	943 aa	Known RBP eCLIP	4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932		Q9Y3F1	56 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GRIN2D	O15399	1336 aa		4.36	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	LRRD1	A4D1F6	860 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SIGLEC16	A6NMB1	481 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932		A8MXQ7	604 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932		E5RJQ4	531 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MED7	O43513	233 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PHF2	O75151	1096 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ATP2C2	O75185	946 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	LRCH4	O75427	683 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	RPS6KA5	O75582	802 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	HMGCR	P04035	888 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PFKM	P08237	780 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CTNNA2	P26232	953 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	HOXC8	P31273	242 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CHRNA3	P32297	505 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	COIL	P38432	576 aa	Predicted RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	THPO	P40225	353 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PTGIR	P43119	386 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	RPL21	P46778	160 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GJA9	P57773	515 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	LILRA4	P59901	499 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	HTRA3	P83110	453 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ATP11A	P98196	1134 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PLCB3	Q01970	1234 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SP3	Q02447	781 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	INCA1	Q0VD86	236 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	NOG	Q13253	232 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PDCL	Q13371	301 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	IRF5	Q13568	498 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CUL1	Q13616	776 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SKIDA1	Q1XH10	827 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	FAM102A	Q5T9C2	384 aa	Predicted RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MFSD7	Q6UXD7	560 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	XYLT1	Q86Y38	959 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CD302	Q8IX05	232 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SEC14L1	Q92503	715 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CAVIN3	Q969G5	261 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ARL8A	Q96BM9	186 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	HAUS1	Q96CS2	278 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ZIM3	Q96PE6	472 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GAD1	Q99259	594 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MTG1	Q9BT17	334 aa	Predicted RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CENPH	Q9H3R5	247 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	FAM204A	Q9H8W3	233 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ZWILCH	Q9H900	591 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CYP3A43	Q9HB55	503 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	SPC25	Q9HBM1	224 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TRMT13	Q9NUP7	481 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CNTN3	Q9P232	1028 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PCYOX1	Q9UHG3	505 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ATP8A1	Q9Y2Q0	1164 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TTC3	P53804	2025 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TRPM7	Q96QT4	1865 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MYO7A	Q13402	2215 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PRRC2B	Q5JSZ5	2229 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PIR	O00625	290 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PTGES	O14684	152 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TP73	O15350	636 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ADAMTS4	O75173	837 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CD48	P09326	243 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GHR	P10912	638 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	FGFR1	P11362	822 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	VDR	P11473	427 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	CCDC130	P13994	396 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	PSMA2	P25787	234 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	TNFRSF8	P28908	595 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	HSD17B3	P37058	310 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MLH1	P40692	756 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	DYNLT1	P63172	113 aa		4.35	□□□□□ -1.71
USP25-208	ENST00000478932	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71

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