RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	TRADD	Q15628	312 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CALML6	Q8TD86	181 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RUBCNL	Q9H714	662 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NDE1	Q9NXR1	346 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF3C5	Q9Y5Q8	519 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	hCG_2014768	A0A024R1R8	64 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF559-ZNF177	A0A0A6YYI6	481 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EGFR	P00533	1210 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MUT	P22033	750 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MDH1	P40925	334 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF177	Q13360	481 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	BYSL	Q13895	437 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SMTNL2	Q2TAL5	461 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA18	Q8TC71	538 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF507	Q8TCN5	953 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	HNRNPLL	Q8WVV9	542 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC40A1	Q9NP59	571 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PAK5	Q9P286	719 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	STX18	Q9P2W9	335 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NIPSNAP3A	Q9UFN0	247 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TMX2	Q9Y320	296 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ITIH6	Q6UXX5	1313 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF103-CHMP3	A0A140T963	221 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATMIN	O43313	823 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NAMPT	P43490	491 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP3CC	P48454	512 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS4	P49798	205 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RBM15	Q96T37	977 aa	Known RBP eCLIP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EHD4	Q9H223	541 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	C20orf96	Q9NUD7	363 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX12	Q9UMY4	172 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SYCE1L	A8MT33	242 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GOLGA8R	I6L899	631 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SUPT3H	O75486	399 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP2C8	P10632	490 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MBL2	P11226	248 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CCZ1B	P86790	482 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MPZL3	Q6UWV2	235 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX31	Q8N9S9	440 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AGPAT3	Q9NRZ7	376 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PIK3C2B	O00750	1634 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RSPH10B	P0C881	870 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CUL2	Q13617	745 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS9BP	Q6ZS82	235 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ALG13	Q9NP73	1137 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FASTKD2	Q9NYY8	710 aa	Known RBP eCLIP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CD274	Q9NZQ7	290 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PDHX	O00330	501 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZSCAN9	O15535	394 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ACO1	P21399	889 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PLA2G4A	P47712	749 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZRANB3	Q5FWF4	1079 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TAGAP	Q8N103	731 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FEZF2	Q8TBJ5	459 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NAF1	Q96HR8	494 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OSBPL8	Q9BZF1	889 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TRABD	Q9H4I3	376 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP4F11	Q9HBI6	524 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MTSS1	O43312	755 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MCF2	P10911	925 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KLRC1	P26715	233 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	EPHB2	P29323	1055 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AP2B1	P63010	937 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OCA2	Q04671	838 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TROAP	Q12815	778 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf131	Q8NDD1	294 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	UCMA	Q8WVF2	138 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GMCL1	Q96IK5	515 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SPATA16	Q9BXB7	569 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PALMD	Q9NP74	551 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DDIT4	Q9NX09	232 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SELENON	Q9NZV5	590 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	KDM1A	O60341	852 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	KPNA6	O60684	536 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC22	O60826	627 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	AR	P10275	920 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO32	Q969P5	355 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	MS4A14	Q96JA4	679 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	RPRD1A	Q96P16	312 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	CCT8L2	Q96SF2	557 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	WDCP	Q9H6R7	721 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	PXMP2	Q9NR77	195 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	NSMCE4A	Q9NXX6	385 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	NEU2	Q9Y3R4	380 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-215	ENST00000496447	FDPS	P14324	419 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22

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