RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	CHCHD3	Q9NX63	227 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	SPAG7	O75391	227 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFS3	O75489	264 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	ITGB3	P05106	788 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	APRT	P07741	180 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	GALC	P54803	685 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	MAPRE1	Q15691	268 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	CATSPER3	Q86XQ3	398 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	NRBF2	Q96F24	287 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	TEKT2	Q9UIF3	430 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	DCTN4	Q9UJW0	460 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	PCSK7	Q16549	785 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHB2	Q9Y5E7	798 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447		E9PCH4	1651 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-215	ENST00000496447	SRGN	P10124	158 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NCAM1	P13591	858 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP2R2A	P63151	447 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	BFSP2	Q13515	415 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MSH4	O15457	936 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP1A1	P05023	1023 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MMP14	P50281	582 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM259	Q4ZIN3	620 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PCSK9	Q8NBP7	692 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KIFC3	Q9BVG8	833 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	DPP3	Q9NY33	737 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FHOD1	Q9Y613	1164 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC78	A2IDD5	438 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447		H7C4K7	107 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RALB	P11234	206 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GPD1	P21695	349 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	HMOX2	P30519	316 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2H1	P32780	548 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO16	Q8IX29	292 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MTBP	Q96DY7	904 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ATP6V1G3	Q96LB4	118 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ZC4H2	Q9NQZ6	224 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF38	Q9NXL2	777 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CPA4	Q9UI42	421 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	HAUS5	O94927	633 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	NFIA	Q12857	509 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF26	Q96DR7	871 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	LATS2	Q9NRM7	1088 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ADA2	Q9NZK5	511 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AMACR	Q9UHK6	382 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TBX20	Q9UMR3	447 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ARFIP2	P53365	341 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIML2	Q8N7C3	387 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT35	Q92764	455 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	C17orf75	Q9HAS0	396 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB6B	Q9NRW1	208 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PYGL	P06737	847 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CYP11B2	P19099	503 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	RAD23B	P54727	409 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC15	Q0P6D6	951 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPRN2	Q92932	1015 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R2P1	Q96PQ5	205 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TGS1	Q96RS0	853 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPRM	P28827	1452 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	HOXA2	O43364	376 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	WASHC5	Q12768	1159 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PDK1	Q15118	436 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	COBLL1	Q53SF7	1204 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	AGR3	Q8TD06	166 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNV2	Q8TDN2	545 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	OPTN	Q96CV9	577 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN17	Q96FV3	270 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SRPK1	Q96SB4	655 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MKNK1	Q9BUB5	465 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ECT2	Q9H8V3	914 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ETFB	P38117	255 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM132B	Q14DG7	1078 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A41	Q8N5S1	370 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPS35	P82673	323 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	UGP2	Q16851	508 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	ELMO2	Q96JJ3	720 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CPS1	P31327	1500 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	P4HA2	O15460	535 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	PPP1R37	O75864	691 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	YY1	P25490	414 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	CDH18	Q13634	790 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC37B	Q96QE4	947 aa		13.75	□□□□□ -0.21

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