RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	RUNDC1	Q96C34	613 aa		10.41	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	ROCK1	Q13464	1354 aa		10.41	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	IQGAP2	Q13576	1575 aa		10.4	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	PPP2R1A	P30153	589 aa		10.4	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		10.4	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		10.4	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	IFT140	Q96RY7	1462 aa		10.4	□□□□□ -0.74
ALMS1-208	ENST00000620466	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	10.4	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	SYNJ2	O15056	1496 aa		10.4	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		10.4	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		10.39	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	PANK1	Q8TE04	598 aa		10.39	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	NGEF	Q8N5V2	710 aa		10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		10.38	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	NFKBIB	Q15653	356 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	HMMR	O75330	724 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	STK31	Q9BXU1	1019 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	MSH5	O43196	834 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		10.37	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ABCC5	O15440	1437 aa		10.36	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	10.36	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	NCOA1	Q15788	1441 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	RIPK4	P57078	832 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	STAC3	Q96MF2	364 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466		G3V3G9	751 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	ST18	O60284	1047 aa		10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	BACH2	Q9BYV9	841 aa		10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		10.34	□□□□□ -0.75
ALMS1-208	ENST00000620466	GPATCH3	Q96I76	525 aa		10.33	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	GORAB	Q5T7V8	394 aa		10.33	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		10.33	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	COG3	Q96JB2	828 aa		10.33	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	BCAR3	O75815	825 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	NOC3L	Q8WTT2	800 aa	Known RBP	10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	CABP2	Q9NPB3	220 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		10.32	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	PTPRK	Q15262	1439 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	NUTM2F	A1L443	756 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	AAMP	Q13685	434 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	PRM3	Q9NNZ6	103 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		10.31	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	ARHGEF11	O15085	1522 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	AMPH	P49418	695 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	EID1	Q9Y6B2	187 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF14	Q15058	1648 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	MTHFS	P49914	203 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	AFAP1	Q8N556	730 aa		10.3	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	ARID3A	Q99856	593 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF16B	Q96L93	1317 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	RILPL2	Q969X0	211 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	TPM4	P67936	248 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	LNPK	Q9C0E8	428 aa		10.29	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	10.28	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	10.28	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	10.28	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	10.28	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	HMOX1	P09601	288 aa		10.27	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.76
ALMS1-208	ENST00000620466	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		10.27	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		10.27	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	PDE3A	Q14432	1141 aa		10.27	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	10.27	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ALMS1-208	ENST00000620466	PHF14	O94880	888 aa		10.26	□□□□□ -0.77

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