RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-215	ENST00000565236	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		34.02	■■■■□ 3.04
CLN3-215	ENST00000565236	KCNA6	P17658	529 aa		34.01	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	HSPA1L	P34931	641 aa		34.01	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		34.01	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	ZFYVE9	O95405	1425 aa		34	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	34	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	33.98	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		33.96	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	NAIP	Q13075	1403 aa		33.96	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	ALK	Q9UM73	1620 aa		33.95	■■■■□ 3.03
CLN3-215	ENST00000565236	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	33.93	■■■■□ 3.02
CLN3-215	ENST00000565236	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	33.91	■■■■□ 3.02
CLN3-215	ENST00000565236	TMEM94	Q12767	1356 aa		33.89	■■■■□ 3.02
CLN3-215	ENST00000565236	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	33.89	■■■■□ 3.02
CLN3-215	ENST00000565236	TRIM52	Q96A61	297 aa		33.87	■■■■□ 3.01
CLN3-215	ENST00000565236	TBX22	Q9Y458	520 aa		33.87	■■■■□ 3.01
CLN3-215	ENST00000565236	HFM1	A2PYH4	1435 aa		33.85	■■■■□ 3.01
CLN3-215	ENST00000565236	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		33.84	■■■■□ 3.01
CLN3-215	ENST00000565236	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	33.84	■■■■□ 3.01
CLN3-215	ENST00000565236	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	33.82	■■■■□ 3
CLN3-215	ENST00000565236	NWD1	Q149M9	1564 aa		33.81	■■■■□ 3
CLN3-215	ENST00000565236	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	33.8	■■■■□ 3
CLN3-215	ENST00000565236	ILDR2	Q71H61	639 aa		33.8	■■■■□ 3
CLN3-215	ENST00000565236	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	33.78	■■■■□ 3
CLN3-215	ENST00000565236	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		33.76	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	33.74	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	MSH6	P52701	1360 aa		33.72	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	DIP2A	Q14689	1571 aa		33.71	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	PIK3R4	Q99570	1358 aa		33.71	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	TRPM2	O94759	1503 aa		33.7	■■■□□ 2.99
CLN3-215	ENST00000565236	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		33.7	■■■□□ 2.98
CLN3-215	ENST00000565236	CLTCL1	P53675	1640 aa		33.68	■■■□□ 2.98
CLN3-215	ENST00000565236	C14orf37	Q86TY3	774 aa		33.65	■■■□□ 2.98
CLN3-215	ENST00000565236	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		33.64	■■■□□ 2.98
CLN3-215	ENST00000565236	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	33.64	■■■□□ 2.98
CLN3-215	ENST00000565236	SLAIN2	Q9P270	581 aa		33.63	■■■□□ 2.97
CLN3-215	ENST00000565236	KIF1B	O60333	1816 aa		33.63	■■■□□ 2.97
CLN3-215	ENST00000565236	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		33.62	■■■□□ 2.97
CLN3-215	ENST00000565236	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		33.58	■■■□□ 2.97
CLN3-215	ENST00000565236	PTPRU	Q92729	1446 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		33.57	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	SOCS7	O14512	581 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	FOXD1	Q16676	465 aa		33.55	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	33.54	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	33.53	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	ATF3	P18847	181 aa		33.52	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	MET	P08581	1390 aa		33.51	■■■□□ 2.96
CLN3-215	ENST00000565236	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		33.51	■■■□□ 2.95
CLN3-215	ENST00000565236	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		33.51	■■■□□ 2.95
CLN3-215	ENST00000565236	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		33.51	■■■□□ 2.95
CLN3-215	ENST00000565236	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	33.47	■■■□□ 2.95
CLN3-215	ENST00000565236	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
CLN3-215	ENST00000565236	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	33.44	■■■□□ 2.94
CLN3-215	ENST00000565236	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		33.42	■■■□□ 2.94
CLN3-215	ENST00000565236	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		33.42	■■■□□ 2.94
CLN3-215	ENST00000565236	PHLPP1	O60346	1717 aa		33.38	■■■□□ 2.93
CLN3-215	ENST00000565236	RGL3	Q3MIN7	710 aa		33.37	■■■□□ 2.93
CLN3-215	ENST00000565236	DCC	P43146	1447 aa		33.35	■■■□□ 2.93
CLN3-215	ENST00000565236	PPL	O60437	1756 aa		33.34	■■■□□ 2.93
CLN3-215	ENST00000565236	JCAD	Q9P266	1359 aa		33.31	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	BRINP3	Q76B58	766 aa		33.29	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		33.28	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	33.27	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		33.27	■■■□□ 2.92
CLN3-215	ENST00000565236	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		33.25	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	33.25	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	33.24	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	PTCH1	Q13635	1447 aa		33.24	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		33.23	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	MST1R	Q04912	1400 aa		33.23	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	33.23	■■■□□ 2.91
CLN3-215	ENST00000565236	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		33.19	■■■□□ 2.9
CLN3-215	ENST00000565236	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		33.17	■■■□□ 2.9
CLN3-215	ENST00000565236	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		33.17	■■■□□ 2.9
CLN3-215	ENST00000565236	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		33.16	■■■□□ 2.9
CLN3-215	ENST00000565236	IFT172	Q9UG01	1749 aa		33.14	■■■□□ 2.9
CLN3-215	ENST00000565236	STK26	Q9P289	416 aa		33.13	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		33.1	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	HRC	P23327	699 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	POTEA	Q6S8J7	498 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	PIK3C2G	O75747	1445 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
CLN3-215	ENST00000565236	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	SHPRH	Q149N8	1683 aa		33.07	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		33.06	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	ORAI2	Q96SN7	254 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	ABCC11	Q96J66	1382 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	33.03	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	LRP6	O75581	1613 aa		33.02	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	33.02	■■■□□ 2.88
CLN3-215	ENST00000565236	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	33.02	■■■□□ 2.88

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