RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000532029.6

LRRK1-208, Transcript of leucine rich repeat kinase 1, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene LRRK1, Length 1,241 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LRRK1-208	ENST00000532029	LTK	P29376	864 aa		32.5	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	32.5	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	ZFYVE9	O95405	1425 aa		32.5	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		32.47	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		32.47	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	RGL3	Q3MIN7	710 aa		32.46	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	32.45	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	MED14	O60244	1454 aa		32.45	■■■□□ 2.79
LRRK1-208	ENST00000532029	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	32.44	■■■□□ 2.78
LRRK1-208	ENST00000532029	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		32.44	■■■□□ 2.78
LRRK1-208	ENST00000532029	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		32.41	■■■□□ 2.78
LRRK1-208	ENST00000532029	BCAN	Q96GW7	911 aa		32.39	■■■□□ 2.78
LRRK1-208	ENST00000532029	IQGAP1	P46940	1657 aa		32.39	■■■□□ 2.78
LRRK1-208	ENST00000532029	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		32.37	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	32.35	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		32.35	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	32.34	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	PPL	O60437	1756 aa		32.33	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	NEUROD1	Q13562	356 aa		32.33	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	32.33	■■■□□ 2.77
LRRK1-208	ENST00000532029	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	32.29	■■■□□ 2.76
LRRK1-208	ENST00000532029	IFT172	Q9UG01	1749 aa		32.29	■■■□□ 2.76
LRRK1-208	ENST00000532029	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		32.27	■■■□□ 2.76
LRRK1-208	ENST00000532029	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		32.24	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		32.24	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		32.23	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		32.23	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	MYOM2	P54296	1465 aa		32.23	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	STAC3	Q96MF2	364 aa		32.21	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		32.21	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	DIP2A	Q14689	1571 aa		32.2	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		32.2	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	TBX22	Q9Y458	520 aa		32.2	■■■□□ 2.75
LRRK1-208	ENST00000532029	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		32.18	■■■□□ 2.74
LRRK1-208	ENST00000532029	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	32.17	■■■□□ 2.74
LRRK1-208	ENST00000532029	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		32.15	■■■□□ 2.74
LRRK1-208	ENST00000532029	CERK	Q8TCT0	537 aa		32.14	■■■□□ 2.74
LRRK1-208	ENST00000532029	TONSL	Q96HA7	1378 aa		32.14	■■■□□ 2.74
LRRK1-208	ENST00000532029	PIK3C2G	O75747	1445 aa		32.13	■■■□□ 2.73
LRRK1-208	ENST00000532029	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		32.13	■■■□□ 2.73
LRRK1-208	ENST00000532029	FBXO41	Q8TF61	875 aa		32.11	■■■□□ 2.73
LRRK1-208	ENST00000532029	ALK	Q9UM73	1620 aa		32.11	■■■□□ 2.73
LRRK1-208	ENST00000532029	PIK3R4	Q99570	1358 aa		32.1	■■■□□ 2.73
LRRK1-208	ENST00000532029	KCNA6	P17658	529 aa		32.07	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	MET	P08581	1390 aa		32.05	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		32.04	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	32.04	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	CPS1	P31327	1500 aa		32.03	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	LAMC1	P11047	1609 aa		32.03	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	32.03	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		32.02	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	NWD1	Q149M9	1564 aa		32.02	■■■□□ 2.72
LRRK1-208	ENST00000532029	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	32	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		32	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		31.99	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		31.99	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	PTPRU	Q92729	1446 aa		31.99	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	31.97	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		31.96	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		31.95	■■■□□ 2.71
LRRK1-208	ENST00000532029	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	31.93	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		31.93	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	31.92	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		31.9	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	31.9	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		31.89	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	STK26	Q9P289	416 aa		31.89	■■■□□ 2.7
LRRK1-208	ENST00000532029	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	31.88	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	ADGRB1	O14514	1584 aa		31.86	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	TMEM94	Q12767	1356 aa		31.85	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		31.84	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		31.84	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	PTCH1	Q13635	1447 aa		31.83	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	ABCC11	Q96J66	1382 aa		31.83	■■■□□ 2.69
LRRK1-208	ENST00000532029	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	31.82	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		31.82	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		31.81	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	TECPR2	O15040	1411 aa		31.81	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		31.81	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		31.8	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	C14orf37	Q86TY3	774 aa		31.79	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	31.78	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		31.77	■■■□□ 2.68
LRRK1-208	ENST00000532029	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		31.76	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	SIRT1	Q96EB6	747 aa		31.75	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	31.75	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		31.74	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	DLC1	Q96QB1	1528 aa		31.73	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		31.73	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	MSH6	P52701	1360 aa		31.72	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		31.71	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	POGK	Q9P215	609 aa		31.7	■■■□□ 2.67
LRRK1-208	ENST00000532029	PRAM1	Q96QH2	718 aa		31.69	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		31.68	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		31.68	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		31.67	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		31.67	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		31.66	■■■□□ 2.66
LRRK1-208	ENST00000532029	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		31.65	■■■□□ 2.66

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