RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489650.1

PTPRN-217, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, human

TSL 3

Gene PTPRN, Length 571 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRN-217	ENST00000489650	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		28.62	■■■□□ 2.17
PTPRN-217	ENST00000489650	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		28.58	■■■□□ 2.17
PTPRN-217	ENST00000489650	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	28.56	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		28.56	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	28.55	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	NWD1	Q149M9	1564 aa		28.54	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	28.54	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	ZFYVE9	O95405	1425 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		28.53	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	28.53	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		28.51	■■■□□ 2.16
PTPRN-217	ENST00000489650	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		28.51	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	28.51	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	MSH6	P52701	1360 aa		28.5	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	SLAIN2	Q9P270	581 aa		28.48	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	UNC13B	O14795	1591 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	POTEA	Q6S8J7	498 aa		28.47	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650		E9PCH4	1651 aa		28.46	■■■□□ 2.15
PTPRN-217	ENST00000489650	TBX22	Q9Y458	520 aa		28.44	■■■□□ 2.14
PTPRN-217	ENST00000489650	PHLPP1	O60346	1717 aa		28.43	■■■□□ 2.14
PTPRN-217	ENST00000489650	ITGAE	P38570	1179 aa		28.42	■■■□□ 2.14
PTPRN-217	ENST00000489650	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	28.42	■■■□□ 2.14
PTPRN-217	ENST00000489650	C14orf37	Q86TY3	774 aa		28.4	■■■□□ 2.14
PTPRN-217	ENST00000489650	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	28.38	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	ROCK1	Q13464	1354 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		28.37	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		28.36	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	NUP155	O75694	1391 aa		28.36	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	JCAD	Q9P266	1359 aa		28.34	■■■□□ 2.13
PTPRN-217	ENST00000489650	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	28.31	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		28.3	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	28.29	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	DIP2A	Q14689	1571 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	ATF3	P18847	181 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		28.28	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	PTPRU	Q92729	1446 aa		28.26	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	PIK3R4	Q99570	1358 aa		28.26	■■■□□ 2.12
PTPRN-217	ENST00000489650	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		28.26	■■■□□ 2.11
PTPRN-217	ENST00000489650	TRPM2	O94759	1503 aa		28.24	■■■□□ 2.11
PTPRN-217	ENST00000489650	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	28.23	■■■□□ 2.11
PTPRN-217	ENST00000489650	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	28.21	■■■□□ 2.11
PTPRN-217	ENST00000489650	LRP6	O75581	1613 aa		28.21	■■■□□ 2.11
PTPRN-217	ENST00000489650	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		28.19	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		28.18	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	BRINP3	Q76B58	766 aa		28.17	■■■□□ 2.1
PTPRN-217	ENST00000489650	SHPRH	Q149N8	1683 aa		28.13	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	MET	P08581	1390 aa		28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		28.11	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	28.1	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	TRIM52	Q96A61	297 aa		28.09	■■■□□ 2.09
PTPRN-217	ENST00000489650	CLTCL1	P53675	1640 aa		28.07	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	DCC	P43146	1447 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	MST1R	Q04912	1400 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		28.06	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		28.03	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	KIF1B	O60333	1816 aa		28.02	■■■□□ 2.08
PTPRN-217	ENST00000489650	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		28	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	RXRB	P28702	533 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		27.99	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	NAIP	Q13075	1403 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		27.98	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	AFF2	P51816	1311 aa		27.97	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	27.97	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	27.95	■■■□□ 2.07
PTPRN-217	ENST00000489650	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	27.91	■■■□□ 2.06
PTPRN-217	ENST00000489650	C8orf37	Q96NL8	207 aa		27.91	■■■□□ 2.06
PTPRN-217	ENST00000489650	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		27.9	■■■□□ 2.06
PTPRN-217	ENST00000489650	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		27.89	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		27.88	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	ORAI2	Q96SN7	254 aa		27.88	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	ADAMTS2	O95450	1211 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	PTCH1	Q13635	1447 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PTPRN-217	ENST00000489650	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	27.83	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	FOXD1	Q16676	465 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	NGLY1	Q96IV0	654 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	PPL	O60437	1756 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	HFM1	A2PYH4	1435 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	27.78	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	RGS12	O14924	1447 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	LAMC1	P11047	1609 aa		27.77	■■■□□ 2.04
PTPRN-217	ENST00000489650	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPRN-217	ENST00000489650	RGL3	Q3MIN7	710 aa		27.72	■■■□□ 2.03
PTPRN-217	ENST00000489650	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		27.71	■■■□□ 2.03

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