RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295718.6

PTPRN-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRN, Length 3,784 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-201ENST00000295718 GBP4Q96PP9 640 aa18.19■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TMEM132EQ6IEE7 984 aa18.19■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TBC1D2Q9BYX2 928 aa18.19■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 ERBINQ96RT1 1412 aa18.19■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 MTHFSP49914 203 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DZIP1LQ8IYY4 767 aaKnown RBP18.18■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DNMBPQ6XZF7 1577 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 SOX12O15370 315 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa18.17■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DMRT2Q9Y5R5 561 aa18.17■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 MCM4P33991 863 aa18.16■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PLB1Q6P1J6 1458 aa18.16■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PLEKHG5O94827 1062 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 HECW1Q76N89 1606 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 WWC1Q8IX03 1113 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 C1orf115Q9H7X2 142 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRN-201ENST00000295718 PLPPR3Q6T4P5 718 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 AFAP1Q8N556 730 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 PCDHB15Q9Y5E8 787 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 PDE3AQ14432 1141 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 RRAGDQ9NQL2 400 aaPredicted RBP18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 PARD3Q8TEW0 1356 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 RUNDC1Q96C34 613 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP18.12■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 TESK2Q96S53 571 aa18.12■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP18.12■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 EXOSC9Q06265 439 aaKnown RBP18.12■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 ERCC6Q03468 1493 aa18.12■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP18.11■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 DDX11L8A8MPP1 907 aa18.11■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 GGNBP2Q9H3C7 697 aa18.1■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 PZPP20742 1482 aa18.1■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 XRCC6P12956 609 aaKnown RBP eCLIP18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 KDM2BQ8NHM5 1336 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 IPO8O15397 1037 aaKnown RBP18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 FAM13BQ9NYF5 915 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 ARHGEF11O15085 1522 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 KDM5BQ9UGL1 1544 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 RLBP1P12271 317 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 RBM10P98175 930 aaKnown RBP18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 MPNDQ8N594 471 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRN-201ENST00000295718 RSPH4AQ5TD94 716 aa18.08■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa18.08■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP18.08■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 MRE11P49959 708 aa18.07■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 RARSP54136 660 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP18.06■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 RIPK4P57078 832 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP18.06■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 GRPEL1Q9HAV7 217 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 PTPRGP23470 1445 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa18.05■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP18.05■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 CABP2Q9NPB3 220 aa18.05■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 MCTP1Q6DN14 999 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 NOB1Q9ULX3 412 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 CUL7Q14999 1698 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 IQGAP2Q13576 1575 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 PKNOX2Q96KN3 472 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 DDX19BQ9UMR2 479 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 ESPNB1AK53 854 aa18.03■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 RALGAPBQ86X10 1494 aa18.03■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 KANK1Q14678 1352 aa18.03■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 HMOX1P09601 288 aa18.02■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 RNF214Q8ND24 703 aa18.02■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
PTPRN-201ENST00000295718 MVPQ14764 893 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 TBC1D32Q96NH3 1257 aa18.01■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 R3HCC1Q9Y3T6 440 aaKnown RBP18.01■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP18■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 CASC1Q6TDU7 716 aa18■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP18■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 CAVIN1Q6NZI2 390 aaKnown RBP18■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 NASPP49321 788 aaPredicted RBP18■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 SLC4A10Q6U841 1118 aa17.99■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 TMEM57Q8N5G2 664 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP17.97■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP17.97■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 SSH1Q8WYL5 1049 aa17.97■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP17.96■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP17.96■□□□□ 0.47
PTPRN-201ENST00000295718 NUTM2FA1L443 756 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 RBM42Q9BTD8 480 aaKnown RBP17.95■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 PRAG1Q86YV5 1406 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 TNPO1Q92973 898 aaKnown RBP17.94■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa17.94■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa17.94■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 ATF7IPQ6VMQ6 1270 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 KIAA1211Q6ZU35 1233 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 CARD14Q9BXL6 1004 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 BCL11BQ9C0K0 894 aaPredicted RBP17.93■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 BCORL1Q5H9F3 1711 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRN-201ENST00000295718 TRIM27P14373 513 aa17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.7 ms