RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-208ENST00000558285 GPR65Q8IYL9 337 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 IQUBQ8NA54 791 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 DDX27Q96GQ7 796 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 UHRF1Q96T88 793 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 GAD1Q99259 594 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PLIN2Q99541 437 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 MMTAG2Q9BU76 263 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 RUSC1Q9BVN2 902 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CCDC113Q9H0I3 377 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 IGFLR1Q9H665 355 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ARHGAP28Q9P2N2 729 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CLIC4Q9Y696 253 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PTPRSQ13332 1948 aa9.49□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PPAN-P2RY11A0A0B4J1V8 794 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ARHGEF37A1IGU5 675 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 K7ENM7 598 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 DYNC1I1O14576 645 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 HNRNPDLO14979 420 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TRAK2O60296 914 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TADA2AO75478 443 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 POMCP01189 267 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 GALTP07902 379 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PAX3P23760 479 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ME1P48163 572 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NRIP1P48552 1158 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 KRT85P78386 507 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TUSC3Q13454 348 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SMAD4Q13485 552 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 KARSQ15046 597 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 POSTNQ15063 836 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PTPAQ15257 358 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ECM1Q16610 540 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 LONRF3Q496Y0 759 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PLPP4Q5VZY2 271 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PTCRAQ6ISU1 281 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CCDC65Q8IXS2 484 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 VPS52Q8N1B4 723 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SMG8Q8ND04 991 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ADAMTS19Q8TE59 1207 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CCDC47Q96A33 483 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ACAP3Q96P50 834 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PNMA5Q96PV4 448 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 EIF2AQ9BY44 585 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 GTPBP4Q9BZE4 634 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NXF3Q9H4D5 531 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PDZD7Q9H5P4 517 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NRDE2Q9H7Z3 1164 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 RNF19AQ9NV58 838 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CD207Q9UJ71 328 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 FBXO2Q9UK22 296 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PCDHB13Q9Y5F0 798 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP9.48□□□□□ -0.897e-8■■■■■ 30.2
USP3-208ENST00000558285 COL4A4P53420 1690 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ZC3H11BA0A1B0GUI2 810 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SNPHO15079 494 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SLC16A4O15374 487 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 B4GALT5O43286 388 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CXCL14O95715 111 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 C1RP00736 705 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ADH1AP07327 375 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 LINC00271P0C7V0 271 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CTSAP10619 480 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 GRM5P41594 1212 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SCNN1GP51170 649 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 DMTNQ08495 405 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 DUSP6Q16828 381 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SKOR2Q2VWA4 1001 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 HAUS6Q7Z4H7 955 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SPRED2Q7Z698 418 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ZSCAN30Q86W11 494 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CD302Q8IX05 232 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 MRPL43Q8N983 215 aaKnown RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 BSNDQ8WZ55 320 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 KCNN1Q92952 543 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NECTIN4Q96NY8 510 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 USP28Q96RU2 1077 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SCAND2PQ9GZW5 306 aaPredicted RBP9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TNMDQ9H2S6 317 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 PLEKHA5Q9HAU0 1116 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 USP25Q9UHP3 1055 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 IRAK3Q9Y616 596 aa9.48□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NLRC5Q86WI3 1866 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TNFRSF10AO00220 468 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 FSCN2O14926 492 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 RECQL4O94761 1208 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CSPG5O95196 566 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 SOD2P04179 222 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 TIE1P35590 1138 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 GLUD2P49448 558 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 NUCB2P80303 420 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 RAD51AP2Q09MP3 1159 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 HYAL1Q12794 435 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 ADAM15Q13444 863 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 COL19A1Q14993 1142 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 USP41Q3LFD5 358 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 LRRC55Q6ZSA7 311 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 CEP57L1Q8IYX8 460 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 LINC00301Q8NCQ3 95 aa9.47□□□□□ -0.89
USP3-208ENST00000558285 MARVELD3Q96A59 401 aa9.47□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.7 ms