RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 MUTP22033 750 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 CCT6AP40227 531 aaKnown RBP24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 GIT2Q14161 759 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 PDIA5Q14554 519 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 PADI6Q6TGC4 694 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 RNF135Q8IUD6 432 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 AUTS2Q8WXX7 1259 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 SUSD6Q92537 303 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 S1PR5Q9H228 398 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 STK39Q9UEW8 545 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 HES2Q9Y543 173 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 HCFC2Q9Y5Z7 792 aa24.9■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 ARL5CA6NH57 179 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 B4GALT5O43286 388 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 TOB1P50616 345 aaPredicted RBP24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 PTGDRQ13258 359 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 TPRNQ4KMQ1 711 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 SYCE2Q6PIF2 218 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB8OSQ8IWT0 167 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 GAD1Q99259 594 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 APOL6Q9BWW8 343 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 APOL5Q9BWW9 433 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 RAB34Q9BZG1 259 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 PCDHB6Q9Y5E3 794 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 IRAK3Q9Y616 596 aa24.89■■□□□ 1.58
CLN3-232ENST00000568443 A0A1B0GUA9 196 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PRR33A8MZF0 331 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 LOC730098B7Z3J9 87 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 NRP1O14786 923 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 CYP11B2P19099 503 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 CBX2Q14781 532 aaPredicted RBP24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MCTP1Q6DN14 999 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 SLC27A1Q6PCB7 646 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PRMT7Q9NVM4 692 aaPredicted RBP24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MUTYHQ9UIF7 546 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 GIT1Q9Y2X7 761 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 STK24Q9Y6E0 443 aa24.88■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 NPTXRO95502 500 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MLH1P40692 756 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 CDR2LQ86X02 465 aaPredicted RBP24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 TMX3Q96JJ7 454 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PRIMPOLQ96LW4 560 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 C2orf40Q9H1Z8 148 aa24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 NXF3Q9H4D5 531 aaKnown RBP24.87■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 INPPL1O15357 1258 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 OR1G1P47890 313 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 ECM1Q16610 540 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 HERC4Q5GLZ8 1057 aaPredicted RBP24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 CDCA2Q69YH5 1023 aaPredicted RBP24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 CES5AQ6NT32 575 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PPP4R3CPQ6ZMV5 832 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 ZFP42Q96MM3 310 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 VN1R3Q9BXE9 311 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 FZD8Q9H461 694 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 KIAA1024Q9UPX6 916 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 HCN4Q9Y3Q4 1203 aa24.86■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 LAD1O00515 517 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 NR1I2O75469 434 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 AKAP5P24588 427 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 SCNN1GP51170 649 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PPP2R5AQ15172 486 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 TMEM132AQ24JP5 1023 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 COLGALT2Q8IYK4 626 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 IGSF22Q8N9C0 903 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 SNX29Q8TEQ0 813 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 BHMT2Q9H2M3 363 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MIOSQ9NXC5 875 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PRG3Q9Y2Y8 225 aaPredicted RBP24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 TRIOO75962 3097 aa24.85■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP24.84■■□□□ 1.57
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CLN3-232ENST00000568443 ITIH3Q06033 890 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PTPN14Q15678 1187 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MAPK6Q16659 721 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 FAM187BQ17R55 369 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PPFIBP1Q86W92 1011 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DEPTORQ8TB45 409 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 BSNDQ8WZ55 320 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 IFT74Q96LB3 600 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 EMILIN2Q9BXX0 1053 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 ADAM7Q9H2U9 754 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DDX19AQ9NUU7 478 aaKnown RBP24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PARP2Q9UGN5 583 aa24.84■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 H3BQV1 296 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MCM2P49736 904 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DSC1Q08554 894 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 PRPF4BQ13523 1007 aaKnown RBP24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 KRT79Q5XKE5 535 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DTHD1Q6ZMT9 781 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 MRPL17Q9NRX2 175 aaKnown RBP24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DZANK1Q9NVP4 752 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 DNM3Q9UQ16 869 aa24.83■■□□□ 1.57
CLN3-232ENST00000568443 N4BP3O15049 544 aa24.82■■□□□ 1.56
CLN3-232ENST00000568443 CD2BP2O95400 341 aaKnown RBP24.82■■□□□ 1.56
CLN3-232ENST00000568443 EPCAMP16422 314 aa24.82■■□□□ 1.56
CLN3-232ENST00000568443 LIG1P18858 919 aa24.82■■□□□ 1.56
CLN3-232ENST00000568443 KLRC2P26717 231 aa24.82■■□□□ 1.56
CLN3-232ENST00000568443 GJB2P29033 226 aa24.82■■□□□ 1.56
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