RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556339.5

ATXN3-240, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 525 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-240	ENST00000556339	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	STRIP2	Q9ULQ0	834 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		4.87	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	COL4A5	P29400	1685 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	B4GALT4	O60513	344 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MAFK	O60675	156 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	FZD7	O75084	574 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	RECK	O95980	971 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CP	P00450	1065 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	IGKV5-2	P06315	115 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	HOXC12	P31275	282 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	GJA8	P48165	433 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	RBM5	P52756	815 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PPP2CB	P62714	309 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PPP2CA	P67775	309 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	IFIT5	Q13325	482 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PRKG1	Q13976	671 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	GCKR	Q14397	625 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	DLGAP5	Q15398	846 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CCDC57	Q2TAC2	916 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LARP1B	Q659C4	914 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TEPP	Q6URK8	271 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TMC5	Q6UXY8	1006 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ARMC9	Q7Z3E5	817 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	FAM169B	Q8N8A8	192 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CDCA5	Q96FF9	252 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SEC16B	Q96JE7	1060 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MXD3	Q9BW11	206 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MRI	Q9BWK5	157 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SSBP3	Q9BWW4	388 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	COA1	Q9GZY4	146 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ASTN2	O75129	1339 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CACNA1F	O60840	1977 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339		H7BY64	318 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CYR61	O00622	381 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TAF5L	O75529	589 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LTBR	P36941	435 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MMP14	P50281	582 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF280A	P59817	542 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LSAMP	Q13449	338 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LDHAL6A	Q6ZMR3	332 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MOB2	Q70IA6	237 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	VPS37D	Q86XT2	251 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CCDC103	Q8IW40	242 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	WDR63	Q8IWG1	891 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LINS1	Q8NG48	757 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MRGPRX3	Q96LB0	322 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	EPB41L1	Q9H4G0	881 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CNNM1	Q9NRU3	951 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	RNF186	Q9NXI6	227 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MYOT	Q9UBF9	498 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TMEFF2	Q9UIK5	374 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	RTL9	Q8NET4	1388 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SNED1	Q8TER0	1413 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LTBP1	Q14766	1721 aa		4.85	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	IL16	Q14005	1332 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TCRBV5S2	A0A599	114 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	KRIT1	O00522	736 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MUSK	O15146	869 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	GPR42	O15529	346 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	TBX1	O43435	398 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	AMH	P03971	560 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ITGAV	P06756	1048 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SELENOP	P49908	381 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	MLLT6	P55198	1093 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	FKBP1B	P68106	108 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CHRND	Q07001	517 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	PRSS53	Q2L4Q9	553 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	SUPT20HL1	Q3ZLR7	823 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	DACT2	Q5SW24	774 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	C6orf15	Q6UXA7	325 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339		Q8N1Y9	231 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	KLHL36	Q8N4N3	616 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	RCBTB1	Q8NDN9	531 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	GML	Q99445	158 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	CCSER2	Q9H7U1	834 aa		4.84	□□□□□ -1.63
ATXN3-240	ENST00000556339	VEZT	Q9HBM0	779 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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