RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	PRR16	Q569H4	304 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ABHD15	Q6UXT9	468 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	EFHB	Q8N7U6	833 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM40	Q8WWA1	233 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SDF4	Q9BRK5	362 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ERVK-5	Q9HDB9	667 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	HCST	Q9UBK5	93 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NOC2L	Q9Y3T9	749 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TCHH	Q07283	1943 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	STAG3L1	P0CL83	205 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP4A	P20648	1035 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP3A7	P24462	503 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	KLRC1	P26715	233 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NRIP1	P48552	1158 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SARS	P49591	514 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NDUFV1	P49821	464 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT76	Q01546	638 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607		Q4G0T1	1027 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NME8	Q8N427	588 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SMRP1	Q8NCR6	262 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	MBOAT7	Q96N66	472 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	POP1	Q99575	1024 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RAB34	Q9BZG1	259 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CFAP54	Q96N23	3096 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1W2PQ27	194 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1W2PQ64	194 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607		A0A1W2PQD8	194 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	LOC730098	B7Z3J9	87 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM86B1	E9PN63	330 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX39A	O00148	427 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TBX3	O15119	743 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TXLNA	P40222	546 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	MRE11	P49959	708 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RBM10	P98175	930 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NFX1	Q12986	1120 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	COASY	Q13057	564 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM102B	Q5T8I3	360 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	DTHD1	Q6ZMT9	781 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RBM23	Q86U06	439 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	VN1R2	Q8NFZ6	395 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNH6	Q9H252	994 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RGS18	Q9NS28	235 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TCEAL9	Q9UHQ7	104 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	BARX2	Q9UMQ3	279 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SRPRB	Q9Y5M8	271 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	COL1A2	P08123	1366 aa		13.56	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PLXNA3	P51805	1871 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	DENND4A	Q7Z401	1863 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	C2orf16	Q68DN1	1984 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607		C9IYK1	514 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	HBP1	O60381	514 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	GADD45B	O75293	160 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RPS6KA5	O75582	802 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC26A2	P50443	739 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAL	Q6DHV7	355 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FSIP1	Q8NA03	581 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	EDA	Q92838	391 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	LENG9	Q96B70	501 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAM2	Q99965	735 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ST3GAL5	Q9UNP4	418 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	GINS2	Q9Y248	185 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	VPS13A	Q96RL7	3174 aa		13.55	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PER2	O15055	1255 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	EDIL3	O43854	480 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	TXK	P42681	527 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ERVFC1	P60507	584 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CBX2	Q14781	532 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM228A	Q86W67	206 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	RASSF8	Q8NHQ8	419 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM20A	Q96MK3	541 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CLIC6	Q96NY7	704 aa		13.54	□□□□□ -0.24

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