RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	LAS1L	Q9Y4W2	734 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GRIN2B	Q13224	1484 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	IQGAP2	Q13576	1575 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	C14orf37	Q86TY3	774 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	HSP90AA1	P07900	732 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	FAM161A	Q3B820	660 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GSE1	Q14687	1217 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA2	Q08379	1002 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	KANK1	Q14678	1352 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		4.54	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	NES	P48681	1621 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	DCAF8L1	A6NGE4	600 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	SLC4A2	P04920	1241 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	4.53	□□□□□ -1.69	2e-6	■□□□□ 8.1
VMP1-216	ENST00000592790	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	INSR	P06213	1382 aa		4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	SAMD9	Q5K651	1589 aa		4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	MSH5	O43196	834 aa		4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	WDR62	O43379	1518 aa		4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790		E9PSI1	815 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RGL3	Q3MIN7	710 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	BACH2	Q9BYV9	841 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ATF5	Q9Y2D1	282 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		4.51	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RGS3	P49796	1198 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	IFT140	Q96RY7	1462 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	HSCB	Q8IWL3	235 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ABCC5	O15440	1437 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	KIF14	Q15058	1648 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	GBP4	Q96PP9	640 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ARID3A	Q99856	593 aa		4.5	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	DDX11L8	A8MPP1	907 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CASC1	Q6TDU7	716 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	PTPRK	Q15262	1439 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ERCC6	Q03468	1493 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	HOMEZ	Q8IX15	550 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CRBN	Q96SW2	442 aa		4.49	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	PANK3	Q9H999	370 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	PKNOX2	Q96KN3	472 aa		4.48	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	SYNJ2	O15056	1496 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	PDE3A	Q14432	1141 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	NFKBIB	Q15653	356 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	NUP160	Q12769	1436 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGEF11	O15085	1522 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	ADGRL2	O95490	1459 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	4.47	□□□□□ -1.69
VMP1-216	ENST00000592790	MORC1	Q86VD1	984 aa		4.47	□□□□□ -1.69

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 84 ms