RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	COG6	Q9Y2V7	657 aa		10.21	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	10.2	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	10.2	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	PTPRG	P23470	1445 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	CFTR	P13569	1480 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	FAM161A	Q3B820	660 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		10.19	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	KCNJ4	P48050	445 aa		10.18	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	10.18	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	TERF2IP	Q9NYB0	399 aa		10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	WDR97	A6NE52	1622 aa		10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193		E9PSI1	815 aa		10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	10.17	□□□□□ -0.78	2e-6	■■■■□ 20.3
NEK1-208	ENST00000512193	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		10.17	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	FOXD4L1	Q9NU39	408 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	CUX1	P39880	1505 aa		10.16	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		10.15	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		10.15	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	ADAMTS8	Q9UP79	889 aa		10.15	□□□□□ -0.78
NEK1-208	ENST00000512193	NUTM2F	A1L443	756 aa		10.15	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	GBP4	Q96PP9	640 aa		10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	TOP2B	Q02880	1626 aa		10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	USP35	Q9P2H5	1018 aa		10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	FGD1	P98174	961 aa		10.14	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	HFM1	A2PYH4	1435 aa		10.13	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	AKNA	Q7Z591	1439 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	PNISR	Q8TF01	805 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	MCC	P23508	829 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	SLC4A10	Q6U841	1118 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	TIAM1	Q13009	1591 aa		10.12	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	NES	P48681	1621 aa		10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	GSE1	Q14687	1217 aa		10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	C11orf95	C9JLR9	678 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	PANK1	Q8TE04	598 aa		10.1	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		10.1	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		10.09	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	NAIP	Q13075	1403 aa		10.09	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	CFAP44	Q96MT7	982 aa		10.09	□□□□□ -0.79
NEK1-208	ENST00000512193	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	AFAP1	Q8N556	730 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	MIA2	Q96PC5	1412 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	STK31	Q9BXU1	1019 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	EVC2	Q86UK5	1308 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		10.08	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		10.07	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	PRDM2	Q13029	1718 aa		10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	PPP2R1A	P30153	589 aa		10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	HMMR	O75330	724 aa		10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	RUNDC1	Q96C34	613 aa		10.06	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	RIPK4	P57078	832 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	NFKBIB	Q15653	356 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	TOPBP1	Q92547	1522 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	NGEF	Q8N5V2	710 aa		10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	MTHFS	P49914	203 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	AMPH	P49418	695 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	LNPK	Q9C0E8	428 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	10.04	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	GRIN2B	Q13224	1484 aa		10.03	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	BCAR3	O75815	825 aa		10.03	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	ARID3A	Q99856	593 aa		10.02	□□□□□ -0.8
NEK1-208	ENST00000512193	PTMS	P20962	102 aa		10.02	□□□□□ -0.81
NEK1-208	ENST00000512193	MSH5	O43196	834 aa		10.02	□□□□□ -0.81
NEK1-208	ENST00000512193	CABP2	Q9NPB3	220 aa		10.02	□□□□□ -0.81
NEK1-208	ENST00000512193	BACH2	Q9BYV9	841 aa		10.02	□□□□□ -0.81
NEK1-208	ENST00000512193	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	10.02	□□□□□ -0.81

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