RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464956.1

USP40-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 3

Gene USP40, Length 185 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-211ENST00000464956 SLC39A11Q8N1S5 342 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LRRC43Q8N309 656 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PPTC7Q8NI37 304 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 KLHDC4Q8TBB5 520 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LINC01599Q8WXQ3 324 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AUTS2Q8WXX7 1259 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PIGKQ92643 395 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FGF11Q92914 225 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CCDC17Q96LX7 622 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NUP88Q99567 741 aaPredicted RBP3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GTPBP2Q9BX10 602 aaKnown RBP3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZBP1Q9H171 429 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CWH43Q9H720 699 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATP6V0A4Q9HBG4 840 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C1orf112Q9NSG2 853 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 HCSTQ9UBK5 93 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SWAP70Q9UH65 585 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FEM1BQ9UK73 627 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SLC8A2Q9UPR5 921 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AK5Q9Y6K8 562 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PIAS3Q9Y6X2 628 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CACNA1IQ9P0X4 2223 aa3.13□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ABCA2Q9BZC7 2435 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MICAL3Q7RTP6 2002 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DENND3A2RUS2 1198 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 VPS37CA5D8V6 355 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FAM149AA5PLN7 773 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 M0QZ92 97 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SH3BP5O60239 455 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PPFIA4O75335 1185 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ECI2O75521 394 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AGFG2O95081 481 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ARIH2O95376 493 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GLUD1P00367 558 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CFIP05156 583 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RPLP2P05387 115 aaKnown RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SFTPCP11686 197 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DRD2P14416 443 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 HOXB4P17483 251 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CCNE1P24864 410 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 HOXC8P31273 242 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CD52P31358 61 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ACTN2P35609 894 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NFKB2Q00653 900 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GFPT1Q06210 699 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GABPAQ06546 454 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ARHGAP1Q07960 439 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 VAC14Q08AM6 782 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FLIIQ13045 1269 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PAK2Q13177 524 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MVPQ14764 893 aaKnown RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LY6KQ17RY6 165 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FBXO47Q5MNV8 452 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AXDND1Q5T1B0 1012 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FAM102BQ5T8I3 360 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PMS2CLQ68D20 193 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 XKR5Q6UX68 686 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 Q6ZS52 159 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SLCO6A1Q86UG4 719 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RTN4RL1Q86UN2 441 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TMC8Q8IU68 726 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NAXDQ8IW45 347 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SYNPOQ8N3V7 929 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CAMKK1Q8N5S9 505 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FAM200AQ8TCP9 573 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IRF7Q92985 503 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 EMID1Q96A84 441 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MSANTD3Q96H12 275 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TMEM176AQ96HP8 235 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SUCLG2Q96I99 432 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 HIC2Q96JB3 615 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CAMK1GQ96NX5 476 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LGMNQ99538 433 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TMEM117Q9H0C3 514 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RNPEPQ9H4A4 650 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 BRD9Q9H8M2 597 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CPNE5Q9HCH3 593 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 STARD5Q9NSY2 213 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RBM12Q9NTZ6 932 aaKnown RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZDHHC7Q9NXF8 308 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 STK39Q9UEW8 545 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MBD1Q9UIS9 605 aaPredicted RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SQORQ9Y6N5 450 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ITPR1Q14643 2758 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZMYM6O95789 1325 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FANCIQ9NVI1 1328 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATAD5Q96QE3 1844 aa3.12□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ITPR3Q14573 2671 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SCN10AQ9Y5Y9 1956 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 H3BRB1 525 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PLK4O00444 970 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DCLK1O15075 740 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 EXTL3O43909 919 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZNF862O60290 1169 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IGSF3O75054 1194 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATP9AO75110 1047 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATG13O75143 517 aa3.11□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RFPL2O75678 378 aa3.11□□□□□ -1.91
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19 ms