RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	METTL7B	Q6UX53	244 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	HOMER1	Q86YM7	354 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CRIPAK	Q8N1N5	446 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	POF1B	Q8WVV4	589 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ATOH1	Q92858	354 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	P2RX5	Q93086	422 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PRRX2	Q99811	253 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TLR9	Q9NR96	1032 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	VPS9D1	Q9Y2B5	631 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PLXNA3	P51805	1871 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PLXNA4	Q9HCM2	1894 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	DMD	P11532	3685 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CD52	P31358	61 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SIGLEC14	Q08ET2	396 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	NEDD9	Q14511	834 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	VN1R2	Q8NFZ6	395 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	RILPL2	Q969X0	211 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PIGS	Q96S52	555 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	NRCAM	Q92823	1304 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	DCHS1	Q96JQ0	3298 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ZDBF2	Q9HCK1	2354 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CYTH3	O43739	400 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ATP9A	O75110	1047 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SDS	P20132	328 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MARK3	P27448	753 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SEC23A	Q15436	765 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SUSD6	Q92537	303 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TLE6	Q9H808	572 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	LAMA4	Q16363	1823 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	FIBP	O43427	364 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	IBSP	P21815	317 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SP100	P23497	879 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TCF7	P36402	384 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ERVFC1	P60507	584 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM62	Q0P6H9	643 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PPFIA1	Q13136	1202 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	GRIK4	Q16099	956 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MICAL1	Q8TDZ2	1067 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PIBF1	Q8WXW3	757 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	APOL5	Q9BWW9	433 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SLC4A5	Q9BY07	1137 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SENP2	Q9HC62	589 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MYO10	Q9HD67	2058 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	IGBP1	P78318	339 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PTPN21	Q16825	1174 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	DUSP6	Q16828	381 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	RSPH3	Q86UC2	560 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TICAM2	Q86XR7	235 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	RIPOR3	Q96MK2	946 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	KCNK17	Q96T54	332 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	UBAC1	Q9BSL1	405 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	S1PR5	Q9H228	398 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TMX1	Q9H3N1	280 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	CDH22	Q9UJ99	828 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PADI3	Q9ULW8	664 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE2-222	ENST00000556725	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	PROB1	E7EW31	1015 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	MGEA5	O60502	916 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	STAM2	O75886	525 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	SCG2	P13521	617 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	KCNA2	P16389	499 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	ATF7	P17544	494 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	GRM4	Q14833	912 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE2-222	ENST00000556725	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82

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