RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000580646.5

GGA3-209, Transcript of golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3, human

TSL 4

Gene GGA3, Length 829 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GGA3-209	ENST00000580646	BRAP	Q7Z569	592 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TTYH1	Q9H313	450 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TBC1D22B	Q9NU19	505 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CXXC1	Q9P0U4	656 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RAPGEFL1	Q9UHV5	662 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TMEM265	A0A087WTH1	108 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	KIF28P	B7ZC32	967 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ATP9A	O75110	1047 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PFKM	P08237	780 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	AR	P10275	920 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	DNAJB2	P25686	324 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RFC2	P35250	354 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	FOSB	P53539	338 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	LETM2	Q2VYF4	491 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PRR16	Q569H4	304 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	DEFB128	Q7Z7B8	93 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CAGE1	Q8TC20	777 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	FAM20A	Q96MK3	541 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RIT2	Q99578	217 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CDX2	Q99626	313 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SDF4	Q9BRK5	362 aa		11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	FAM205C	A6NFA0	338 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646		H3BRB1	525 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MSH4	O15457	936 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	DHX15	O43143	795 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	STX6	O43752	255 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TDP2	O95551	362 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	LGALS2	P05162	132 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PBX2	P40425	430 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZNF200	P98182	395 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SLC5A5	Q92911	643 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TIFA	Q96CG3	184 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	GPR20	Q99678	358 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZNF577	Q9BSK1	485 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PBX4	Q9BYU1	374 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MTMR6	Q9Y217	621 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MUC3A	Q02505	3323 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZBBX	A8MT70	800 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ATG7	O95352	703 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ACTN1	P12814	892 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SELP	P16109	830 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	KRT76	Q01546	638 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SP4	Q02446	784 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RBL2	Q08999	1139 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PTK7	Q13308	1070 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	HIC1	Q14526	733 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MCTP1	Q6DN14	999 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZNF746	Q6NUN9	644 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PHF6	Q8IWS0	365 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RDM1	Q8NG50	284 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ZNF576	Q9H609	170 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	MSRA	Q9UJ68	235 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TELO2	Q9Y4R8	837 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	LAMA2	P24043	3122 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	EMSY	Q7Z589	1322 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	C17orf102	A2RUQ5	167 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	LAD1	O00515	517 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SLC37A4	O43826	429 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	NEMF	O60524	1076 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PSMD10	O75832	226 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	CKB	P12277	381 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	GPNMB	Q14956	572 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	GRIN2C	Q14957	1233 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GGA3-209	ENST00000580646	RAB30	Q15771	203 aa		11.15	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41 ms