RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	NOD1	Q9Y239	953 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DDX52	Q9Y2R4	599 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		10.11	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RBM47	A0AV96	593 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	LCHN	A4D1U4	455 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CCDC69	A6NI79	296 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PRC1	O43663	620 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CAST	P20810	708 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RFC2	P35250	354 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	WTAP	Q15007	396 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PPP2R5B	Q15173	497 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DGKH	Q86XP1	1220 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	GDPD5	Q8WTR4	605 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TMEM87B	Q96K49	555 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CDK15	Q96Q40	435 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	C1QTNF2	Q9BXJ5	285 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	WDFY4	Q6ZS81	3184 aa		10.1	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	LPXN	O60711	386 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TXN	P10599	105 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	KCNJ6	P48051	423 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DEFB103A	P81534	67 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	BFSP2	Q13515	415 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	PTGIS	Q16647	500 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CHST3	Q7LGC8	479 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DCAF4	Q8WV16	495 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	KCNB2	Q92953	911 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	MTA3	Q9BTC8	594 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	TM6SF1	Q9BZW5	370 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	CD320	Q9NPF0	282 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	DACH1	Q9UI36	760 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1671	Q9BY89	1806 aa		10.09	□□□□□ -0.79
USP4-213	ENST00000488520	NEDD4	P46934	1319 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	TRIO	O75962	3097 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520		A6NJR5	290 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	ARIH2	O95376	493 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	ADH1C	P00326	375 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	RPS6	P62753	249 aa	Known RBP	10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD1	Q15327	319 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	USH1G	Q495M9	461 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	FAM117B	Q6P1L5	589 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	RUFY3	Q7L099	469 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PNMA1	Q8ND90	353 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	SCFD2	Q8WU76	684 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	C11orf16	Q9NQ32	467 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		10.08	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	KPNA6	O60684	536 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	BAIAP3	O94812	1187 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CALM1	P0DP23	149 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CALM2	P0DP24	149 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CALM3	P0DP25	149 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	RPS6KB1	P23443	525 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	NEK4	P51957	841 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	NNT	Q13423	1086 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	ARID5B	Q14865	1188 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	GPNMB	Q14956	572 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	LY6K	Q17RY6	165 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	TCTN1	Q2MV58	587 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	ADCK5	Q3MIX3	580 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	SEPT14	Q6ZU15	432 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	AFG1L	Q8WV93	481 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CPVL	Q9H3G5	476 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		10.07	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	LOC102724159	A0A0B4J2E5	919 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	GPR37L1	O60883	481 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PDHB	P11177	359 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	LIFR	P42702	1097 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	PWP2	Q15269	919 aa	Known RBP	10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZUG5	572 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
USP4-213	ENST00000488520	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		10.06	□□□□□ -0.8

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