RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS33B	Q9H267	617 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RASSF4	Q9H2L5	321 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	IL17RB	Q9NRM6	502 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FLT1	P17948	1338 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	LAMB1	P07942	1786 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RXRA	P19793	462 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CMA1	P23946	247 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF5B	P33176	963 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GUCY1A2	P33402	732 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CHRNA4	P43681	627 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM29	Q14134	588 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GRM4	Q14833	912 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP3K11	Q16584	847 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RILPL1	Q5EBL4	403 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	OTUD7B	Q6GQQ9	843 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ILDR2	Q71H61	639 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX11	Q8IYF3	940 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FMR1NB	Q8N0W7	255 aa	Predicted RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	JMY	Q8N9B5	988 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TTC9	Q92623	222 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ZDHHC15	Q96MV8	337 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TIGD1	Q96MW7	591 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM161B	Q96MY7	647 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	AIFM3	Q96NN9	605 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	LZTS2	Q9BRK4	669 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MYL10	Q9BUA6	226 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFYVE28	Q9HCC9	887 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	LATS2	Q9NRM7	1088 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TOMM22	Q9NS69	142 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DACT1	Q9NYF0	836 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	HPSE	Q9Y251	543 aa		6.37	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPY2	A6NKD2	308 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SPTLC2	O15270	562 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PRDM1	O75626	825 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	BMP15	O95972	392 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC192	P0DO97	292 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SNHG28	P0DPA3	235 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	XBP1	P17861	261 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAPPC10	P48553	1259 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CDK8	P49336	464 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PLCD1	P51178	756 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TFAP4	Q01664	338 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP2B2	Q01814	1243 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GUCY1B3	Q02153	619 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NPY5R	Q15761	445 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DACT2	Q5SW24	774 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP135	Q66GS9	1140 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MSL1	Q68DK7	614 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GALNT17	Q6IS24	598 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	APOBEC3H	Q6NTF7	200 aa	Known RBP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CTCFL	Q8NI51	663 aa	Predicted RBP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	BICD2	Q8TD16	824 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SHISA4	Q96DD7	197 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SPACA7	Q96KW9	195 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMD1	Q99460	953 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	IDI2	Q9BXS1	227 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	LACRT	Q9GZZ8	138 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PARP2	Q9UGN5	583 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SWAP70	Q9UH65	585 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	JAG2	Q9Y219	1238 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CLIC4	Q9Y696	253 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		6.36	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0A0MRY4	1105 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NFKBIE	O00221	500 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CUTA	O60888	179 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	6.35	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	6.35	□□□□□ -1.39

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.9 ms