RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000476519.1

SYNE1-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP46A1	Q9Y6A2	500 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	NID2	Q14112	1375 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		13.77	□□□□□ -0.2
SYNE1-223	ENST00000476519	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TREH	O43280	583 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	GNA11	P29992	359 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TCF7	P36402	384 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	KCNJ6	P48051	423 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SP4	Q02446	784 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	IKBKE	Q14164	716 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	NTRK3	Q16288	839 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	WNT8B	Q93098	351 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SDF4	Q9BRK5	362 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ANO3	Q9BYT9	981 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ERAP1	Q9NZ08	941 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TELO2	Q9Y4R8	837 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	NFASC	O94856	1347 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	LGR5	O75473	907 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CYP3A4	P08684	503 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	IFNAR1	P17181	557 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF76	P36508	570 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ADAM17	P78536	824 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PKN1	Q16512	942 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TRIM50	Q86XT4	487 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	BICD2	Q8TD16	824 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	GLG1	Q92896	1179 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PRUNE2	Q8WUY3	3088 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	MYOG	P15173	224 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ARHGAP4	P98171	946 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	MBTPS1	Q14703	1052 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	JAKMIP3	Q5VZ66	844 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PLPPR4	Q7Z2D5	763 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PHF6	Q8IWS0	365 aa	Known RBP eCLIP	13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PRDM12	Q9H4Q4	367 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	AZI2	Q9H6S1	392 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	AGO4	Q9HCK5	861 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		13.75	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CHD7	Q9P2D1	2997 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	EYS	Q5T1H1	3165 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ATG7	O95352	703 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	AR	P10275	920 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PPFIA1	Q13136	1202 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PLEKHG4	Q58EX7	1191 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CRYGN	Q8WXF5	182 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SEPT8	Q92599	483 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PHKB	Q93100	1093 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PGBD1	Q96JS3	809 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TMEM260	Q9NX78	707 aa		13.74	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	DLL1	O00548	723 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TLL1	O43897	1013 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	GJB5	O95377	273 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CA3	P07451	260 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC26A2	P50443	739 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	STAT5B	P51692	787 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ACTR2	P61160	394 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ADGRE1	Q14246	886 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RSPH3	Q86UC2	560 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PLA2G4D	Q86XP0	818 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	PCYT2	Q99447	389 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	RAD9A	Q99638	391 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	MYO9B	Q13459	2157 aa		13.73	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	VCAN	P13611	3396 aa		13.72	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM86B1	E9PN63	330 aa		13.72	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		13.72	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	MARK3	P27448	753 aa		13.72	□□□□□ -0.21
SYNE1-223	ENST00000476519	CIITA	P33076	1130 aa		13.72	□□□□□ -0.21

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.7 ms