RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP24.83■■□□□ 1.57
USP40-215ENST00000484528 PHOSPHO2Q8TCD6 241 aa24.83■■□□□ 1.57
USP40-215ENST00000484528 TCEANC2Q96MN5 208 aa24.83■■□□□ 1.57
USP40-215ENST00000484528 MICAL3Q7RTP6 2002 aa24.83■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 H3BRB1 525 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CALM1P0DP23 149 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CALM2P0DP24 149 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CALM3P0DP25 149 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 DEFB103AP81534 67 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 NEDD9Q14511 834 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 MBTPS1Q14703 1052 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 UBE2SQ16763 222 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 PCNX4Q63HM2 1172 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CNKSR3Q6P9H4 555 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TRAF7Q6Q0C0 670 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 METTL7BQ6UX53 244 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TMTC3Q6ZXV5 915 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TRIM50Q86XT4 487 aa24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TUT1Q9H6E5 874 aaKnown RBP24.82■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 COL4A4P53420 1690 aaPredicted RBP24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 PIK3CDO00329 1044 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CXCL10P02778 98 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SMIM10L2AP0DMW4 78 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SMIM10L2BP0DMW5 78 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SPRED2Q7Z698 418 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 GPR20Q99678 358 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 PSTPIP2Q9H939 334 aa24.81■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 C17orf102A2RUQ5 167 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 EPOPA6NHQ4 379 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 THPOP40225 353 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TAP1Q03518 808 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 UTP14CQ5TAP6 766 aaKnown RBP24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 RNF20Q5VTR2 975 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 HEATR3Q7Z4Q2 680 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SERINC5Q86VE9 423 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 FANCBQ8NB91 859 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 ATP6V0A1Q93050 837 aa24.8■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 REV3LO60673 3130 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 KIF28PB7ZC32 967 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TLL1O43897 1013 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 PARNO95453 639 aaKnown RBP24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SGMS1Q86VZ5 419 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 ARNTL2Q8WYA1 636 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 THEGQ9P2T0 379 aa24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SPTBN5Q9NRC6 3674 aaKnown RBP24.79■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 NCOR1O75376 2440 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 LCHNA4D1U4 455 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TREHO43280 583 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 TJAP1Q5JTD0 557 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 NLRX1Q86UT6 975 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 RASEFQ8IZ41 740 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 NEK1Q96PY6 1258 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 USP26Q9BXU7 913 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 RNPEPQ9H4A4 650 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 PKD2L1Q9P0L9 805 aa24.78■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CTSHP09668 335 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 FAM117BQ6P1L5 589 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 XRRA1Q6P2D8 792 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 APOA5Q6Q788 366 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SYNE3Q6ZMZ3 975 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 ZBED2Q9BTP6 218 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 SETD4Q9NVD3 440 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 CNTNAP5Q8WYK1 1306 aa24.77■■□□□ 1.56
USP40-215ENST00000484528 RSPH10B2B2RC85 870 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ATP9AO75110 1047 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 CDC45O75419 566 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 RSPH10BP0C881 870 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 HOXC8P31273 242 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ADCK5Q3MIX3 580 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 KRT40Q6A162 431 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 BRPF3Q9ULD4 1205 aa24.76■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 TCF20Q9UGU0 1960 aaKnown RBP24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ABHD14A-ACY1A0A1B0GW23 586 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 SPDYE3A6NKU9 549 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 LGR5O75473 907 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 WWC2Q6AWC2 1192 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 SYMPKQ92797 1274 aaKnown RBP24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 GPRASP2Q96D09 838 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 SENP7Q9BQF6 1050 aa24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ZNF215Q9UL58 517 aaPredicted RBP24.75■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 KCNA2P16389 499 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ITGB5P18084 799 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 EXOSC10Q01780 885 aaKnown RBP24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 IKBKEQ14164 716 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 DBF4BQ8NFT6 615 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 OSBPL7Q9BZF2 842 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 PCDHA6Q9UN73 950 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 PCDHA8Q9Y5H6 950 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 SIP14410 1827 aa24.74■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 EMSYQ7Z589 1322 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ZBTB43O43298 467 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 GTPBP6O43824 516 aaPredicted RBP24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 TCF7P36402 384 aaPredicted RBP24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 ARHGAP4P98171 946 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 RTN1Q16799 776 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 TYW1BQ6NUM6 668 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 LIN28BQ6ZN17 250 aaKnown RBP eCLIP24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 DHX32Q7L7V1 743 aaKnown RBP24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 LMBR1Q8WVP7 490 aa24.73■■□□□ 1.55
USP40-215ENST00000484528 PGBD1Q96JS3 809 aa24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.3 ms