RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	FANCB	Q8NB91	859 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	NSUN7	Q8NE18	718 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	AFG1L	Q8WV93	481 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	KAT2B	Q92831	832 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TAAR1	Q96RJ0	339 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC9A7	Q96T83	725 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	STK36	Q9NRP7	1315 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GJB2	P29033	226 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC27	P30260	824 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNQ1	P51787	676 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TAP1	Q03518	808 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TCTN1	Q2MV58	587 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	MPHOSPH6	Q99547	160 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	ABCB11	O95342	1321 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CNTNAP5	Q8WYK1	1306 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	JAK2	O60674	1132 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	IFNAR1	P17181	557 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CHMP4BP1	P59074	171 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	BFSP2	Q13515	415 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PTGIS	Q16647	500 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SEPT14	Q6ZU15	432 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	RETREG2	Q8NC44	543 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	LZTS2	Q9BRK4	669 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	RALGAPA2	Q2PPJ7	1873 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	C5orf42	Q9H799	3197 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	LCHN	A4D1U4	455 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607		B4DLN1	442 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	OPLAH	O14841	1288 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	LPXN	O60711	386 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PLEKHA8P1	O95397	391 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GH1	P01241	217 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PDC	P20941	246 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPL12	P52815	198 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SMARCC2	Q8TAQ2	1214 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	WASF1	Q92558	559 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	MAF1	Q9H063	256 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	ORC3	Q9UBD5	711 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	BAIAP3	O94812	1187 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CTDNEP1	O95476	244 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	DEFB103A	P81534	67 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	RBL2	Q08999	1139 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GRB10	Q13322	594 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TRAF7	Q6Q0C0	670 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CAGE1	Q8TC20	777 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	AFAP1L1	Q8TED9	768 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PHKB	Q93100	1093 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	IWS1	Q96ST2	819 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	RMDN3	Q96TC7	470 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GTF2IRD1	Q9UHL9	959 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	NOD1	Q9Y239	953 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	KLRF2	D3W0D1	207 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	NBN	O60934	754 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PPFIA3	O75145	1194 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	DEXI	O95424	95 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CXCL10	P02778	98 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SELP	P16109	830 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	EIF2AK2	P19525	551 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	HIC1	Q14526	733 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	STXBP2	Q15833	593 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	NTRK3	Q16288	839 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	WNT8B	Q93098	351 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SPZ1	Q9BXG8	430 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	PXMP2	Q9NR77	195 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	HDAC6	Q9UBN7	1215 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-208	ENST00000437607	TRIO	O75962	3097 aa		13.89	□□□□□ -0.19

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